计算机在生命科学中的应用教学课件电子教案全套课件.pptx

计算机在生命科学中的应用;课程教学安排;计算机与生命科学的结合;****年交大科技消息1;主要内容;交大科技消息2;主要内容;生物计算机;生物数学;;生物数学的发展过程;sciencemag.org SCIENCE VOL 303：6 FEBRUARY 2004;Introductory Science and Mathematics Educationfor 21st-Century BiologistsWilliam Bialek and David Botstein;Bialek and Botstein propose incorporating mathematical and quantitative approaches into biological sciences curricula, not merely as prerequisite courses to be suffered as a rite of passage but as full-fledged components of the training of a contemporary scientist.;第一章 绪 论;;;;;;;计算机在生命科学中的应用类型 ;;;应用现状;cDNA microarray expression patterns of small (S) and large (L) neurons;应用现状;基因序列同源性比较;应用现状;应用现状;本课程内容;课程内容——数值方法;课程内容——数学模型;课程内容——数据处理和实验设计;本课程的学习目的;第二节 生命科学中常用的计算机软件概述 ;GCG软件;GCG;SAS;SAS软件;Excel;MATLAB;MATLAB;其它的应用软件 ;其它的应用软件;蛋白质分析软件：MACAW是一种多序列构建与分析软件。 主要用途：通过实施基因组计划，得到了大量的蛋白序列与DNA序列数据，了解数据及其相互关系，查找有用的片段是一个非常困难的工作。一些片段常常显示类似的分子结构与生物特性。用人工的方法是不可能完成如此大量的比较工作的。应用MACAW程序，借助统计学方法和一定的运算规则，来查找这些片段。 ;蛋白序列分析软件包ANTHEPROT 5.0，包括了蛋白质研究领域所包括的大多数内容，功能强大。 主要功能：进行各种蛋白序列分析与特性预测, 如进行蛋白序列二级结构预测；在蛋白序列中查找符合PROSITES数据库的特征序列；绘制出蛋白序列的所有理化特性曲线；在Internet或本地蛋白序列数据库中查找类似序列；计算蛋白序列分子量、比重与各蛋白残基百分组成；计算蛋白序列滴定曲线与等电点；选定一个片段后，绘制Helical Wheel图；进行点阵图（Dot Plot）分析；计算信号肽潜在的断裂位点等。 ;搜索查看软件：Vector NTI Viewer，方便易用。 主要功能： （1）输入文件格式广泛，除了molecule documents(.gb)本身文件格式外，还能识别各种数据库应用格式软件：EMBL, GenBank, FASTA, Sequence files。 （2）全部或部分序列可以拷贝到剪贴板，提供给其他程序使用。 （3）载体图像可以拷贝到剪贴板上供给其他程序使用，或直接存盘成.wmf格式图像文件。;主要功能： （4）可以查找特定序列，ORF（可以设置相关参数）、描述载体、限制酶位点、一些功能序列和附注。 （5）整个界面由文本、图形和序列三部分构成，而且点击任意的序列、RE、基因，图形和序列均会自动标记到相应位置，非常直观方便。 （6）载体形状可以圆形表示，也可以线形表示。 （7）可进行核酸到蛋白的翻译。 （8）图形可以放大缩小。 ;统计分析软件：NoSA是一种中文统计软件，覆盖了绝大部分常用的统计分析方法，融入了当代数据处理技术，从数据录入与管理、统计分析、绘图，到结果管理，能满足从事各类研究的同学、专家、学者对数据作统计分析的需要。 ;检索软件：Entrez是NCBI用来在网络上查找生物资料的在线系统,可以在网上搜索找到相应的资料: （1）GenBank, EMBL, DDBJ 三大数据库中的DNA序列。 （2）Swiss-Prot, PIR, PRF, PDB数据库中的蛋白序列以及从核酸翻译的蛋白序列。 （3）基因组以及染色体作图数据。 （4）由pdb衍生的三维蛋白结构,NCBI的Molecular Modeling Database (MMDB)。 （5）文献引用数据库中的引用数据。 ;生化工程中的反应器设计程序 BioStat B发酵罐控制程序，用来收集发酵工艺数据、并采用模糊控制原理控制工艺参数； 三维分子模型显示、编辑与构建程序，可以用各种模式显