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蛋白质相互作用网络解析第1页/共67页 第五章 蛋白质相互作用网络第2页/共67页 蛋白质相互作用网络5.1概述5.2蛋白质相互作用网络研究进展5.3蛋白质相互作用网络中的模体和模块第3页/共67页 5.1概述5.1.1蛋白质5.1.2蛋白质的研究进展5.1.3蛋白质组学的研究进展第4页/共67页 5.1.1蛋白质蛋白质（protein）是一种复杂的有机化合物，也称“多肽”，它由氨基酸分子排列的线性链所构成，其氨基酸序列是由对应的基因序列（遗传密码）所确定。除了按照遗传密码所编码的十种标准氨基酸外，在某些生物体中，遗传密码还包括其他氨基酸。第5页/共67页 5.1.1蛋白质蛋白质残基可以在被翻译后修饰而发生化学变化，并改变其物理、化学及生物学性能，从而改变蛋白质的功能。多个蛋白质可以组成复合体来实现某一特定功能。第6页/共67页 5.1.1蛋白质蛋白质的功能很多，例如以下几种最基本的生理功能：1.组成和修复生物体2.调节生物体的生理机能3.运输载体4.供给能量第7页/共67页 5.1.1蛋白质1.组成和修复生物体蛋白质是生物体细胞的基本构成物质。人体的肌肉、内脏、皮肤、大脑、毛发、血液及骨骼等的主要成分都是蛋白质。蛋白质还可以帮助伤口血液凝固并促进其愈合。第8页/共67页 5.1.1蛋白质2.调节生物体的生理机能构成生物体差不多所有的生命活性物质，例如：催化体内各种生物化学反应的酶调节机体生长、发育并行使正常生理功能的激素第9页/共67页 5.1.1蛋白质2.调节生物体的生理机能抵御外来细菌和病毒的抗体及免疫类物质，当蛋白质充足时，一旦需要这些抗体和免疫物质在数小时内就可以增加数百倍。参与细胞的信号转导，调控细胞的发育和凋亡，及至生物体的命运。形成生物体的渗透压，引发生物体的各种活动，例如肌肉的做功等。第10页/共67页 5.1.1蛋白质3.运输载体蛋白质是生物体内很多重要的代谢物和营养素的载体。氧、脂类、维生素、矿物质与微量元素都需要利用各种蛋白质运输到生物体需要的地方。例如，血红蛋白质可以输送氧；脂蛋白可以输送脂肪。蛋白质还可以充满营养物质储备，例如植物种子中的大量蛋白质，就是在萌发时用的储备。第11页/共67页 5.1.1蛋白质4.供给能量由于蛋白质中含碳、氢、氧元素，当机体需要时，可以被代谢系统分解，释放出能量。第12页/共67页 5.1.1蛋白质综上所述，蛋白质参与了生命的几乎所有过程，例如遗传、发育、繁殖、物质和能量的代谢、应激等。揭示生物体内成千上万种蛋白质的具体功能及其实施功能的机制，是在21世纪后基因组时代蛋白质研究的核心内容，也是当前生物科学极富挑战性的研究领域之一。第13页/共67页 5.1.2蛋白质的研究进展早在18世纪，法国化学家Antoine Fourcroy等人就已经发现蛋白质是一类独特的生物分子。1838年，瑞典化学家Jons Jakob Berzelius首先提出了蛋白质这一概念。第14页/共67页 5.1.2蛋白质的研究进展1955年，英国生物化学家Frederick Sanger首次正确地测定了一种蛋白质------胰岛素的氨基酸序列。主要结论是蛋白质胰岛素有确定的氨基酸序列，认为每一种蛋白质均有一个独特的氨基酸序列，即有一个确定的化学成分。第15页/共67页 5.1.2蛋白质的研究进展第16页/共67页 5.1.2蛋白质的研究进展1958年，奥地利分子生物学家Max Ferdinand Perutz和英国生物化学及射线晶体学家John Cowdery Kendrew首次利用X射线晶体学方法，完成了原子分辨率的血红蛋白和肌红蛋白质的三维结构。1962年，他们分享了诺贝尔化学奖。第17页/共67页 5.1.2蛋白质的研究进展第18页/共67页 5.1.2蛋白质的研究进展第19页/共67页 5.1.3蛋白质组学的研究进展蛋白质组学（Proteomics）主要是大规模地研究蛋白质的结构和功能。定义：在一定时间内一个细胞或一类细胞中存在的所有蛋白质被称为蛋白质组（proteome），意指proteins expressed by a genome，即一个细胞或一个组织的“基因组所表达的全部蛋白质”。第20页/共67页 5.1.3蛋白质组学的研究进展蛋白质组学是应用各种技术研究蛋白质组的一门新兴科学。其目的是从整体的角度分析细胞内动态变化的蛋白质组分、表达水平与修饰状态，了解蛋白质之间的相互作用与联系，揭示蛋白质功能与细胞生命活动规律。第21页/共67页 5.1.3蛋白质组学的研究进展1994年，澳大利亚科学家Marc R.Wilkins首次提出了“蛋白质组”的概念，当时他还是博士生。1995年，担任澳大利亚政府建立的世界上第一个蛋白质组研究中心的博士后研究员。1997年，主编蛋白质组学的第一本专著