LY_T 3191-2020林木DNA条形码构建技术规程.pdf

ICS_65.020B 60LY中华人民共和国林业行业标准LY/T 3191—2020林木DNA条形码构建技术规程Technical regulations of DNA barcodes in woody species2020-03-30发布2020-10-01实施国家林业和草原局发布 LY/T 3191—2020前言本标准按照GB/T1.1—2009给出的规则起草。本标准由国家林业和草原局提出。本标准由全国林木种子标准化技术委员会(SAC/TC115)归口。本标准起草单位：中国林业科学研究院热带林业研究所、潮南省林业科学院、中国科学院华南植物园、中国科学院植物研究所、江西农业大学林学院。本标准主要起草人：装男才、梁军生、陈步峰、葛学军、米湘成、刘娟， LY/T 3191—2020附录D(资料性附录）不同DNA条形码片段的序列编辑方法不同DNA条形码片段的序列编辑方法见表D.1.表 D.1不同DNA条形码片段的序列编辑方法片段名称内容该片疫的序列排列整齐，没有减基的损人或缺失。使用Chroms软件检验序列测序质量和长rkcla度，编辑后保存为FASTA格式文档作为BLAST接寻，同时从Chromas上用nexus文件格式导出序列信息作为后续的系统发育重建文件该片段属编码基因，不同引特对测序时所得序列长度不等，存在较大变异；用相同的引物划merK序，所得序列在不同类群中也有较大变异。使用tK片段的序列前，需将这些相略的序列进行反向髓译处理。使用MEGA软件，反向超译成核苷酸序列后以比对过的FASTA格式输出，其他样本的mK序列(每个物种有一个序列可用》以同样的方式同时进行相互闻比对ITS/ITS2参考matK的编辑方法，该片段存在长的POLY-G,POLY-C和POLY-A，存在多考贝间的杂合，种内序列变异较大，导效测序和分析图难为了系统发育分析，FASTA文件通过科或目的分类方法进行模块分制处理。当样地中一个IrsH-psbA科只有一个物种，就将其与同目的另外一个科放在一起进行比对；而当一个目只含有一个物种时，分析时将这个物种的trH-pbA序列在系统发育分析时排除在外，处理为数据缺失 LY/T录E（资料性附录）常用的系统发育关系构建方法常用的系统发育关系构建方法见表E.1。表 E.1常用的系统发育关系构建方法名称类别染作平台最佳适用范围或特征部分链接非加权配对算术平均法基于距离PAUP 等用于群体或居群数据最小二栗法基于距离PAUP 等亲缘关系较近的类群邻技法基于距离dnvd泉缘关系较近的类群，可PAUP, http ://paup-phylosolutions,com/用于大样本的数据CIPRES, /最大菌约法基于性状PAUP,可用于大样本的数据，需MEGA; https://www,/CIPRES 等考惠长枝爱引作用phylotools;PAUP,可用于大样本的数据，需httpss///helixcn/phylotools最大似然法基于性状CIPRES 等选择合适的模型贝叶斯法基于性状PAUP,可用于大样本的数据，对CIPRES 等统计学的要求较高10 LY/T3191—2020中华人民共和国林业行业标准林木DNA条形码构建技术规程LY/T中国标准出版社出版发行北京市朝南区和平里西街甲2号（100029）北京市西城区三里河北街16号(100045)网址总编室：(010行中心：(010者服务部；(010国标准出版社泰皇岛印剧厂印刷各地新华书店经销.开本880×12301/16印张1字数22千字2020年6月第一版2020年6月第一次印刚书号；155066·235266定价.18.00 元如有印装差错由本社发行中心调换版权专有侵权必究LY/T报电话：(010印日期：2020年6月28日 LY/T3191—2020林木DNA条形码构建技术规程1范围本标准规定了林木DNA条形码构建中样本采集策略、核心DNA条形码片段选取标准、DNA提取技术和保存、序列测定和编辑方法、系统发育关系构建等技术要求。本标准适用于林木DNA条形码的构建。2规范性引用文件下列文件对于本文件的应用是必不可少的。凡是注日期的引用文件，仅注日期的版本适用于本文件，凡是不注日期的引用文件，其最新版本（包括所有的修改单)适用于本文件。本文件无规范性引用文件。3术语和定义下列术语和定义适用于本文件。3.1DNA条形码DNA barcodes从线粒体、叶绿体或核基因组区域中筛选的一段短的通用的DNA序列，以期对现存生物在物种水平上进行快速面准确的识别和鉴定，3.2引物primer一小段单链DNA或RNA，作为DN