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- 2023-08-15 发布于上海
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真核基因选择性剪接位点识别的研究的开题报告
导言:
近年来,随着基因组学技术的不断发展和深入,研究者们逐渐开始关注基因的表达调控。基因的可变剪接(alternative splicing)是一种常见的表达调控现象,它指的是同一基因在转录过程中产生多种互不相同的mRNA,这些mRNA经过不同的剪接变异组合而成,从而影响该基因的翻译产物。研究发现,60%至70%的真核基因都存在可变剪接现象,可变剪接是真核细胞基因表达调控中的重要层次之一。
在可变剪接中,有一类选择性剪接(alternative splicing)事件是经过RNA结合蛋白(RNA-binding proteins,简称RBP)调控的。RBP能够特异性结合到pre-mRNA的特定序列,从而导致剪接体在这些位点上选择性剪接。因此,准确地预测选择性剪接位点,对于深入理解基因的表达调控机制,以及其在疾病发生和发展中的作用有着重要的意义。
目的和研究问题:
本课题旨在开发一种方法,可自动模拟并预测真核基因的选择性剪接(AS)事件。具体来说,将研究如何利用机器学习算法,通过分析实验数据和预测模型来精确识别出RBP结合位点,从而预测AS事件。
研究内容:
本研究将主要从以下两方面展开:
1. 数据预处理与特征提取
为了进行选择性剪接位点的预测,我们需要开发一种算法进行数据预处理和特征提取。数据预处理主要包括数据清洗、预处理和统计分析,
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