水质 底栖动物鉴定 DNA条形码法.pdfVIP

水质 底栖动物鉴定 DNA条形码法 警告：EB溶液具有遗传毒性，操作时应按规定要求佩戴防护器具，避免接触皮肤和衣物。 1 范围 本文件规定了利用 DNA 条形码技术鉴定底栖动物的方法。 本文件适用于河流、湖泊和水库中底栖动物的鉴定。 2 规范性引用文件 下列文件中的内容通过文中的规范性引用而构成本文件必不可少的条款。其中，注 日期的引用文件， 仅该 日期对应的版本适用于本文件；不注 日期的引用文件，其最新版本 （包括所有的修改单）适用于本 文件。 GB/T 30989 高通量基因测序技术规程 HJ 710.8 生物多样性观测技术导则 淡水底栖大型无脊椎动物 T/CSES 81 淡水生物监测 环境 DNA 宏条形码法 3 术语和定义 下列术语和定义适用于本文件。 3.1 底栖动物 macrobenthos 指生活史的全部或至少一个时期栖息于水体底部或底部基质中的不能通过 0.5 mm （40 目）孔径网 筛的无脊椎动物。 [来源：HJ 710.8-2014，3.2，有修改] 3.2 细胞色素c氧化酶亚基 I cytochrome coxidase subunit I，COI 后生动物线粒体基因组上的线粒体细胞色素 c 氧化酶亚基 I 对应的 DNA 序列。 [来源：T/CSES 81-2023，3.7，有修改] 3.3 引物 primer 在 DNA 复制过程中，结合于模板链上并作为复制延伸的起始位点和/或终止位点的，具有一定长度 和顺序的寡核苷酸链。 [来源：GB/T 30989-2014，3.11] 3.4 退火 annealing 模板双链 DNA 经热变性、双螺旋解开成单链后，通过缓慢冷却到特定温度，使引物与该模板 DNA 1 单链重新配对，形成新的双链分子的过程称为退火。 3.5 聚合酶链式反应 polymerase chain reaction，PCR 模板 DNA 先经高温变性为单链，在 DNA 聚合酶和适宜的温度下，两条引物分别与模板 DNA 两条链上 的一段互补序列发生退火，接着在 DNA 聚合酶的催化下以四种 dNTP 为底物，使退火引物得 以延伸，如 此反复变性、退火和 DNA 合成这一循环，使位于两段已知序列之间的 DNA 片段呈几何倍数扩增。 [来源：GB/T 30989-2014，3.14] 3.6 降落PCR touchdown PCR，TD PCR 一种退火温度逐渐降低的多循环 PCR 反应程序。由于前期退火温度高，引物结合难度增大，错配几 率降低，目的片段的产率较低但准确率较高。后期随着退火温度的降低，前期积累的正确 目的片段会被 大幅扩增，使最终产物中目的片段的特异性大幅提高。 3.7 序列比对 sequence alignment 指运用特定的算法检测两个或多个序列之间的相似性，用于发现生物序列中的功能、结构和进化的 信息。 3.8 遗传距离 genetic distance 遗传距离指不同的种群或种之间的基因差异的程度，并以数值进行度量。 3.9 生物大分子序列比对搜索工具 Basic LocalAlignment Search Tool，BLAST 一种基于局部比对算法的搜索工具，可将输入的核酸或蛋白质序列与数据库中的已知序列进行比对， 获得序列相似度等信息，从而判断序列的来源或进化关系。 3.10 分子进化遗传分析工具 Molecular Evolutionary Genetics Analysis，MEGA 一种用于分析物种亲缘关系、分子功能、遗传进化等的工具。可以实现序列比对和调参建树等功能。 4 缩略语 下列缩略语适用于本文件。 EB——溴化乙锭 （Ethidium bromide） DNA——脱氧核糖核酸 （deoxyribonucleic acid） COI——细胞色素氧化酶亚基 I （cytochrome coxidase subunit I） PCR——聚合酶链式反应 （polymerase chain reaction ） BLAST——生物大分子序列比对搜