petsc 使用说明资料.docx

ARGONNE NATIONAL LABORATORY 9700 South Cass Avenue Argonne, IL 60439 ANL-95/11-Revision 2.1.3 ANL-95/11-Revision 2.1.3 PETSc 用户手册 Satish Balay, Kris Buschelman, William Gropp, Dinesh Kaushik, Matt Knepley, Lois Curfman Mclnnes, Barry Smith, Hong Zhang Mathematics and Computer Science Division /petsc PAGE PAGE 21 PAGE PAGE 22 May 31, 2002 中国科学院计算机网络信息中心超级计算中心谷同祥 王建 黄海 翻译、整理 摘 要 本手册描述 PETSc 在高性能计算机上数值求解偏微分方程及相关问题的使用方法。可移植可扩展科学计算工具箱(PETSc: Portable, Extensible Toolkit for Scientific Computation)是一套数据结构和程序，它为大规模应用代码在并行(和串行)计算机上实现提供构造模块。PETSc 对所有消息传递通讯均使用MPI 标准。 PETSc 包含一套正在扩充的并行线性、非线性方程解法器和时间积分器，它们可能在用 FORTRAN、C 和C++编写的应用代码中被用到。PETSc 提供并行应用代码中所需的许多机制，如并行矩阵和向量聚集程序。本程序库采用分级组织，使用户能利用对实际问题非常适合的抽象出的层次。由于使用了面向对象编程技术，PETSc 为用户提供了巨大的灵活性。 PETSc 是软件工具的一个复杂集合；因此，对某些用户来说，起初要学习的东西比简单子程序库的更多。特别地，对某些没有计算机科学背景知识和 C 或 C++编程经验的人，要领会它的全部特征并使软件有效地运行需花大量的时间。然而，PETSc 的设计及其所含算法能使许多应用代码有效地实现，这比你自己“摆弄它们”更简单。 对许多简单的(甚至相对复杂的)任务，诸如 Matlab 的包常是最好的工具；对可写出有效 Matlab 代码的问题类，PETSc 并不想给予太多的关注。 不要期望 PETSc 像其它串行代码一样会提供一个“并行线性解法器”。当然，并非以前串行代码的所有部分都必须被并行化，但是， 矩阵创建部分必须具有所期望的任何性能。不要期望串行地创建你的矩阵，然后“使用 PETSc”并行求解线性方程组。 由于 PETSc 正在研发之中，用法和程序调用系列可能会有些小的变化，有关信息见 web 站点： /petsc. 涉 及 PETSc 特 征 工 作 的 出 版 物 和 网 站 列 表 可 在 /petsc /publications 查到。我们欢迎对这些页面的任何附加。 获取 PETSc 的信息： On-line: 所有程序的菜单页，包括分类的例子用法： docs/index.html 或 http://www.mcs. /petsc/docs 分 类 的 问 题 查 寻 ： docs/troubleshooting.html 或 /petsc/ doc/ 本手册中： 基本介绍，第 9 页 聚集向量，第 29 页，和矩阵，第 43 页 线性解法器，第 53 页 非线性解法器，第 68 页 时间步进(ODE)解法器，第 88 页 索引，第 148 页 致谢： 我们感谢 PETSc 的所有用户，感谢他们的许多建议、测试报告和鼓励。特别感谢 Victor Eijkhout、David Keyes 和 Matthew Knepley，他们对PETSc 的原代码、功能和文档给予了有价值的评论。 PETSc 中的一些原代码和实用程序（或 PETSc 使用的软件）的完成 者： Mark Adams：MPIBAIJ 矩阵的可扩展性， Allison Baker：FGMRES 代码， Tony Caola：SPARSEKIT2 ilutp()接口， Chad Carroll：Win32 图形， Cameron Cooper：VecScatter 程序部分， Victor Eijkhou：t 程序， KSP 型BICG，VecPipeline(和) VecXXXBegin()/End() Paulo Goldfeld：balancing Neumann-Neumann 预条件子， Matt Hille, Matthew Knepley, Domenico Lahaye：导向 John Ruge 和 Klaus Stueben 的 AMG 的接口， Peter Mell：DA 程