Autok vina 使用方法分析和总结.docx

Autodock vina 使用方法 需要软件为autodocktool、vina、pymol 需要文件为蛋白质文件：.pdb 小分子配体文件：.mol2 1、打开autodocktools 软件 File Read Molecule *.pdb Edit Charges Add Kollman Charges 确定 Edit Hydrogens Add Hydrogens Polar Only OK WithBondOrder Yes Float Dashborad Widget Atom(pdb name) Grid Macromolecule choose pdb name Select Molecule Grid Grid box 首先把Spacing (angstrom)设为 1 然后把 number of points in x-dimension 值设在一个合理范围 number of points in y-dimension number of points in z-dimension 使晶格能够囊括所以蛋白质原子 最后把 x center 值设在一个合理范围 y center z center 使晶格中心能够在蛋白质分子中心 把所有值记录在*.txt 文件中。 2、打开Raccoon 软件（此步骤也可以用autodocktools 完成） Add ligands *.mol2 (现在 Files of type 中改成*.mol2) open 首先创建一个*.txt 文件（利用步骤1中的*.txt 文件的数值），比如：receptor = receptor.pdbqtcenter_x = 2 首先创建一个*.txt 文件（利用步骤1中的*.txt 文件的数值），比如： receptor = receptor.pdbqt center_x = 2 center_y center_y = 6 center_z = -7 size_x = 25 size_y = 25 size_z = 25 num_modes = 9 然后把所有小分子配体进行虚拟筛选，利用一下批处理脚本： for f in ligand_*.pdbqt; do b=`basename $f .pdbqt` echo Processing ligand $b mkdir -p $b vina --config conf.txt --ligand $f --out ${b}/out.pdbqt --log ${b}/log.txt done