细胞周期蛋白生物信息学分析的中期报告.docxVIP

细胞周期蛋白生物信息学分析的中期报告 本次细胞周期蛋白生物信息学分析的中期报告主要介绍了分析方法以及初步结果。 1. 数据获取和预处理 我们从NCBI Gene Expression Omnibus (GEO)数据库中下载了人类正常组织细胞(GSE56396)和人类癌细胞(GSE60060)的表达谱信息。此外，我们还从UniProt数据库中获取了细胞周期蛋白家族的蛋白序列信息。在预处理数据时，我们使用了R语言中的limma包，对原始数据进行了QC检查、数据归一化、差异基因筛选等处理。 2. 分析方法 我们使用R语言中的Bioconductor包和一些工具来进行细胞周期蛋白相关的基因注释、功能富集分析、蛋白互作网络构建以及机器学习算法的应用等分析。 注释分析：我们使用UniProt数据库中的信息对细胞周期蛋白家族的基因进行注释，包括蛋白的功能、亚细胞定位以及途径等信息。 功能富集分析：我们使用Enrichr在线工具对差异表达基因进行富集分析，寻找与细胞周期蛋白家族相关的基因功能模块。 互作网络构建：根据基因的功能互补性和表达模式等因素，我们利用STRING数据库中的信息构建了细胞周期蛋白互作网络。 机器学习算法：我们尝试使用多种机器学习算法对正常组织和癌细胞中细胞周期蛋白家族基因的表达模式进行分类，以寻找潜在的分类标志物。 3. 初步结果 我们发现在正常组织和癌细胞中，CDK1、CD