基于cDNA文库方法的鼠疫耶尔森氏菌sRNAs的筛选与鉴定研究的中期报告.docxVIP

基于cDNA文库方法的鼠疫耶尔森氏菌sRNAs的筛选与鉴定研究的中期报告 本研究基于cDNA文库方法，以鼠疫耶尔森氏菌（Yersinia pestis）的ATCC 29415株为模型，对其小RNA（sRNA）进行筛选与鉴定，并通过实验验证其功能及作用机制。 目前，我们已经完成了以下工作： 1. 鼠疫耶尔森氏菌ATCC 29415株的RNA提取和纯化，并用聚丙烯酰胺凝胶电泳（PAGE）进行质量检测； 2. 在RNase R消化后，利用SOLiD Next-Generation Sequencing平台对ATCC 29415株的sRNA进行高通量测序； 3. 将得到的sRNA序列通过基因组比对和预测工具（Open Reading Frame Finder和Infernal）进行分析和鉴定，初步筛选出约200个候选sRNA； 4. 对所有候选sRNA进行RT-PCR实验验证，确定了其中55个为真正的sRNA，并对其进行了进一步的表达分析和功能实验。 目前正在进行的工作包括： 1. 对筛选出的55个sRNA进行全基因组分析，进一步验证其与基因调控网络的关系； 2. 对其中具有潜在生物学意义的sRNA进行深入研究，包括初始表达模式，目标基因以及对细菌代谢、适应性、逃逸机制等的影响机制等。 预计未来几个月内，我们将完成对这些sRNA的细致研究，并进一步探究鼠疫耶尔森氏菌的RNA调控机制及其在细