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基于Bi--direction BWT的可变剪切比对算法设计与实现的中期报告 1. 研究背景和意义 剪切比对是生物信息学领域中经常遇到的问题之一，它涉及到RNA序列的寻找和定位。在实际的研究中，RNA剪切事件通常是指预-mRNA在加工过程中的剪切，使其生成不同的可变剪切形式。这种可变剪切的存在与其中的不互斥现象，使得可变剪切比对变得尤为关键。对于可变剪切事件，相比于单一的碱基替换，它包含了插入、删除和剪接等操作，这就需要开发出高效可靠的可变剪切比对算法。然而，当前可变剪切比对算法的速度和准确度仍然存在一些问题。因此，本研究旨在开发一种基于Bi-direction BWT的可变剪切比对算法，以提高比对速度和准确度。 2. 目前的研究进展 目前，关于RNA序列的比对算法已经有很多的研究成果，包括经典的Needleman-Wunsch算法、Smith-Waterman算法、BWT算法、Backtracking算法、Seed-and-Extend算法等。其中，基于BWT的比对算法在速度和空间方面具有很大的优势。因此，本研究选择了基于Bi-direction BWT的可变剪切比对算法进行研究。 Bi-direction BWT是一种新的BWT变换技术，它可以同时处理原序列和反向互补序列的BWT，并且比传统的单向BWT具有更好的性能。此外，BWT算法中的FM-index结构可以快速搜索相同或相