遗传分析软件QGAStation 2.0和GMDR-GPU的开发的中期报告.docxVIP

遗传分析软件QGAStation 2.0和GMDR-GPU的开发的中期报告 一、QGAStation 2.0中期报告 QGAStation 2.0 是基于QGAStation 1.0的升级版本，是一个开源的遗传分析软件，主要用于单核遗传关联分析。本软件主要改进了以下几点： 1.支持更多的基因型数据格式：QGAStation 2.0现在可以同时处理PLINK、PED/MAP、TPED/TFAM、VCF等多种格式的数据。 2.支持更多的分析方法：除了常见的线性回归方法，QGAStation 2.0还支持基于逻辑回归、协方差分析、共计n阶互信息、二元分离、交互作用等多种方法的分析。 3.增加了交互式数据可视化和统计结果报告：用户可以通过使用QGAStation 2.0自带的可视化工具，探索和分析结果数据。此外，QGAStation 2.0还提供了统计图和结果报告，包括P值、Q值、基因频率、效应量等信息。 目前，QGAStation 2.0已经发布了两个Beta版。在将来的版本中，我们计划继续优化这个软件，并增加更多的功能来满足用户的需求。 二、GMDR-GPU中期报告 GMDR-GPU是一个针对交互作用的遗传关联分析工具，它基于GPU并行计算来大大提高分析速度，主要改进了以下几点： 1.支持更大数据集的分析：GMDR-GPU 支持处理大样本和大基因型数据集，能够快速地从大量的数据中提取最有意义的交互关系。 2.大大提高了分析速度：通过GPU并行计算，GMDR-GPU可以提供更快的分析速度，大大减少了分析时间。 3.增加了对多个显卡的支持：GMDR-GPU现在可以同时利用多个块显卡以及多个芯片组来加速分析。 目前，GMDR-GPU已经发布了公开测试版，在测试期间，我们将继续进行优化和改进，以提高其性能和稳定性，并为用户提供更好的解决方案。