高通量计算机分析应用Benchmark的构造与负载特性分析的中期报告.docxVIP

高通量计算机分析应用Benchmark的构造与负载特性分析的中期报告 本中期报告主要介绍我们进行高通量计算机分析应用Benchmark的构造与负载特性分析的研究工作进展情况。 1. 研究背景与目的 随着高性能计算的发展，越来越多的应用需要对大规模数据进行处理和分析，需要高通量计算机(High-Throughput Computing, HTC)系统来支持。然而，当前对HTC系统的评估主要仍然是基于传统的性能测试，比如HPL等。这些测试主要关注系统的计算能力和数据传输速度等单一指标，忽略了HTC系统的特殊应用场景和多样的特性需求。 为了更全面地评估HTC系统的性能和特性，我们选择了高通量计算机分析应用Benchmark作为研究对象。本研究旨在构造具有代表性的HTC分析应用Benchmark，并对其进行负载特性分析，为HTC系统的设计和优化提供依据。 2. 工作进展 目前，我们已经完成了Benchmark的构造和初步测试工作，并正在进行负载特性分析。 2.1. Benchmark构造 我们选择了基因组学领域的三个应用作为Benchmark的基础：Bowtie2、BWA和GATK。这些应用涉及基因测序、对齐和变异检测等重要任务，具有典型的HTC特性需求，比如大规模数据处理、高并行性和任务共享等。 针对不同应用的特点和需求，我们进行了一系列的优化和改进，包括算法重构、数据传输和任务划分等。最终，我们构造了三个Benchmark集合，分别对应上述三个应用，并提供了标准输入数据集和结果比对工具，以便其他研究人员进行复现和比较。 2.2. 负载特性分析 目前，我们正在对Benchmark进行负载特性分析。具体地，我们通过在不同规模的HTC系统上运行Benchmark，并记录系统的性能指标和效率，来评估系统对Benchmark的支持能力和负载特性。 为了提高实验的可重复性和可比性，我们采用了标准的测试流程和指标，包括吞吐量、任务响应时间和能耗等方面。另外，我们还对比了不同应用和不同负载下系统的性能差异和潜在瓶颈，以便更好地了解HTC系统的应用场景和需求。 3. 下一步工作 在接下来的工作中，我们将重点关注以下两个方面： 3.1. 进一步完善Benchmark集合的设计和测试 我们将继续改进Benchmark的构造和优化，特别是针对不同系统和负载的适应性。同时，我们还将扩展Benchmark的应用场景和测试任务，比如加入新的应用、增加输入数据规模和引入多任务并行等。 3.2. 深入分析系统的负载特性和优化方法 我们将继续对Benchmark进行负载特性分析，并深入研究系统性能差异和优化方法。具体地，我们将关注以下问题：系统的吞吐量上限和瓶颈、系统资源的利用效率和优化策略、任务调度和数据处理的性能瓶颈等。 4. 结论 本中期报告介绍了我们进行高通量计算机分析应用Benchmark的构造与负载特性分析的研究工作进展情况。我们构造了三个Benchmark集合，并正在进行负载特性分析。未来，我们将继续完善Benchmark的设计和测试，并深入研究系统的负载特性和优化方法，以提高HTC系统的性能和特性。