乙型肝炎病毒epsilon RNA与逆转录酶对接复合物的分子动力学模拟的中期报告.docxVIP

乙型肝炎病毒epsilon RNA与逆转录酶对接复合物的分子动力学模拟的中期报告 本次分子动力学模拟研究的目标是分析乙型肝炎病毒epsilon RNA与逆转录酶对接复合物的结构和动力学特性，在理解乙型肝炎病毒复制过程中的分子机制上具有重要意义。 首先，我们以PDB数据库中乙型肝炎病毒epsilon RNA与逆转录酶对接复合物的晶体结构为起点，使用Amber16软件构建系统模型，并进行能量最小化和系统的预处理过程，生成初始构象。 其次，我们基于初始构象进行了20 ns的分子动力学模拟，并对模拟过程中的各项物理参数进行了监控与分析。初步结果表明，在模拟时段内，系统处于相对稳定的状态，并且epsilon RNA与逆转录酶复合物的结构保持相对稳定。 我们还对系统内的氢键、疏水作用、范德华作用力和二级结构等特征进行了分析，并且进一步探究了分子动力学过程中能量的变化，表明模拟中系统的总能量逐渐趋于平衡状态，并保持在一个相对稳定的区间内。 接下来，我们将继续对epsilon RNA与逆转录酶对接复合物的分子动力学模拟进行延长，以进一步了解系统的物理性质，并为深入探究乙型肝炎病毒复制过程的分子机制提供基础数据支持。