生物信息学名词解释 .pdfVIP

1.计算生物信息学（Computational Bioinformatics ）是生命科学与计算机科学、数 理科学、化学等领域相互交叉而形成的一门新兴学科，以生物数据作为研究对象，研究理 论模型和计算方法，开发分析工具，进而达到揭示这些数据蕴含的生物学意义的目的。 2.油包水 PCR (Emulsion PCR) : 1) DNA 片段和捕获磁珠混合; 2) 矿物油和水相的 剧烈震荡产生油包水环境; 3) DNA 片段在油包水环境中扩增;4) 破油并富集有效扩增磁 珠。 3.双碱基编码技术：在测序过程中对每个碱基判读两遍，从而减少原始数据错误，提 供内在的校对功能。代表测序方法：solid 测序。 4.焦磷酸测序法：焦磷酸测序技术是由 4 种酶催化的同一反应体系中的酶级联化学发 光反应,适于对已知的短序列的测序分析,其可重复性和精确性能与 SangerDNA 测序法相 媲美,而速度却大大的提高。焦磷酸测序技术不需要凝胶电泳,也不需要对 DNA 样品进行任 何特殊形式的标记和染色,具备同时对大量样品进行测序分析的能力。在单核苷酸多态性、 病原微生物快速鉴定、病因学和法医鉴定研究等方面有着越来越广泛的应用。例如 ：454 测序仪 ：用蛋白质序列查找核苷酸序列。 :STS 是序列标记位点 （sequence-tagged site ）的缩写 ，是指染色体上位置已定的、 核苷酸序列已知的、且在基因组中只有一份拷贝的 DNA 短片断 ，一般长 200bp －500bp。 它可用 PCR 方法加以验证。将不同的 STS 依照它们在染色体上的位置依次排列构建的图为 STS 图。在基因组作图和测序研究时 ，当各个实验室发表其 DNA 测序数据或构建成的物 理图时 ，可用 STS 来加以鉴定和验证 ，并确定这些测序的 DNA 片段在染色体上的位置； 还有利于汇集分析各实验室发表的数据和资料，保证作图和测序的准确性。 :表达序列标签技术（EST ，Expressed Sequence Tags ） EST 技术直接起源于人类基 因组计划。 ：生物信息学数据库。UniGene 试图通过计算机程序对 GeneBank 中的序列数据进 行适当处理，剔除冗余部分，将同一基因的序列，包括 EST 序列片段搜集到一起，以便研 究基因的转录图谱。UniGene 除了包括人的基因外，也包括小鼠、大鼠等其它模式生物的 基因。 :开放阅读框（ORF ，open reading frame )是基因序列的一部分，包含一段可以编码 蛋白的碱基序列，不能被终止子打断。编码一个蛋白质的外显子连接成为一个连续的 ORF。 10.分子钟检验：只有分子钟的，没听过分子钟检验。一种关于分子进化的假说 ，认为 两个物种的同源基因之间的差异程度与它们的共同祖先的存在时间(即两者的分歧时间)有 一定的数量关系 (一家之言,仅供参考) 1) 什么是生物信息学所谓的基本数据库，你所知的核酸、蛋白质、结构基本数据库有 哪些 答 ：生物信息学中的数据是指生物分子的信息，具体表现为 DNA 序列数据、蛋白质 序列数据、生物分子结构数据、生物分子功能数据（包括蛋白质功能的定性描述、蛋白质 之间的相互作用描述、基因表达数据、代谢路径、调控网络等）。所有类型的数据中，序列 与结构是基本的数据，储存这些数据的数据库，就是生物信息学中的基本数据库。 核酸序列数据库：EBI 的 EMBL 数据库、NCBI 的 GenBank 数据库、日本国立遗传学 研究所的 DDBJ 数据。这三者间数据共享，每天更新。 蛋白质数据库：SWISS-PROT 蛋白质序列数据库、PDB 生物大分子结构数据库、HSSP 蛋白质二级结构数据库。 以上这些数据库是全世界分子生物学和医学研究人员获取生物分子的序列、结构和其 他信息的基本来源，而且是发表自己序列或结构测定结果的重要媒体。围绕这三大核心数 据库还有众多面向各种特定应用的衍生数据库和分析软件，这些数据库分别从不同角度、 以不同方式对各类生物信息学数据进行归纳、总结和注释，而各种分析软件为挖掘这些数 据提供了有力的工具。 2 ）什么是生物信息学所谓的二次数据库，你所知的核酸、蛋白质、结构二次数据库有 哪些 答 ：根据生命科学不同研究领域的实际需要，对基因组图谱、核酸和蛋白质序列、蛋 白质结构以及文献等数据进行分析、整理、归纳、注释而构建的具有特殊生物学意义和专 门用途的数据库就是生物信息学中的二次数据库