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基于弧图特征的RNA二级结构图形表示及相似性分析的开题报告

一、研究背景和意义

RNA是生命活动的重要分子之一，其二级结构是决定其功能的关键因素之一。RNA二级结构的预测和分析已经成为生物信息学领域的重要研究方向。目前，已经有许多预测RNA二级结构的算法出现，例如MFOLD、RNAfold等，在RNA二级结构预测中取得了一定的成果。但是，如何对预测出来的RNA二级结构进行可视化表示和相似性分析，是目前仍需解决的问题。

基于图形化的RNA二级结构可视化和相似性分析，有助于研究者更好地理解RNA二级结构的特征和本质，也有助于辅助医学科学、农业科学等领域的研究。因此，本研究旨在基于RNA二级结构的特征，研究RNA二级结构图形表示及相似性分析的方法。

二、研究内容和方法

1.研究内容

（1）对已有的RNA二级结构图形表示方法进行综述和评价，并分析它们的优缺点。

（2）基于RNA二级结构的特征（如弧基序列、内环、外环等），设计一种基于弧图的RNA二级结构图形表示方法。

（3）探索并实现RNA二级结构之间的相似性分析算法，以实现RNA二级结构比对和相似性计算。

（4）将该方法与现有的RNA二级结构图形表示方法进行比较分析，验证其有效性和可行性。

2.研究方法

（1）文献综述

对目前已有的RNA二级结构图形表示方法进行收集、总结和分析，并对其优缺点进行比较和评价。

（2）算法设计

基于RNA