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魟鱼基因组组装及HOX基因分析
摘要：HOX基因最早是在果蝇的基因研究时被发现的，研究表明HOX基因与生物体的体节发育有关。鱼类的HOX基因群因物种不同而分成不同的簇，脊索动物-文昌鱼只有一个hox基因簇，硬骨鱼-斑马鱼的hox基因群被分为7个基因簇等。本研究开展了魟鱼基因组测序，并对魟鱼hox基因进行了鉴定与系统发生分析本研究首先进行了魟鱼的基因的组装，包括测序数据的统计和组装结果的分析，重复序列的比较等。并利用在线数据库TimeTree以及212个一对一直系同源基因构建物种进化树来确定已测序物种间的进化关系。然后利用HMMER、blastp、SMA
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