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肠道病毒71型广西分离株全基因组序列测定与分析的开题报告

开题报告

一、研究背景

肠道病毒71型(EV71)是一种单股正链的RNA病毒，属于肠病毒属(Enterovirus)。它引起的手足口病(Hand,footandmouthdisease,HFMD)在亚洲地区广泛流行，严重威胁儿童健康。目前，疫苗预防和药物治疗手足口病的方法尚未开发出来，因此，EV71病毒的病理机制和与宿主的相互作用成为当前研究的热点。

广西地处中国南部，属于热带湿润气候区，手足口病在这里也不乏发生。因此，全面深入地研究广西分离的EV71型病毒株的基因组结构和序列变异，对进一步理解该病毒的致病机制和探索对该病毒进行防治策略具有重要意义。

二、研究目的

本次研究的目的是对广西分离的EV71型病毒株进行全基因组序列测定，并进行序列分析，探究其是否存在变异。具体目标如下：

1.成功测定广西分离的EV71型病毒株的全基因组序列。

2.对该病毒基因组序列进行分析，探究该株病毒基因结构、功能等特征。

3.与其他同属于EV71病毒的株进行序列比较和分析，探究该株病毒序列是否存在变异，有无特征性突变或者缺失。

三、研究方法

1.样品收集：收集广西某医院病人的病毒标本，提取其含有EV71病毒的RNA材料。

2.全基因组测序：采用IlluminaHiSeq2000高通量测序技术对该RNA材料进行全基