多位点序列分型.ppt

结果分析根据分析的细菌群体组成1.以等位基因编号和ST编号为基本分析单位提交到MLST分析网络服务器（www.mlst.net）START和eBURST2.直接分析核苷酸序列上传到GenBank比对服务器进行BLAST比对验证第20页，讲稿共31页，2023年5月2日，星期三数据分析得到等位基因图谱新的STs则找出对应的clonalcomplex在数据库中找出相应的STs群体进化研究分子流行病学研究菌群结构调查菌群遗传学分析疾病的全球性监控鉴定暴发性疾病的病原体MLST结果分析流程图第21页，讲稿共31页，2023年5月2日，星期三ST和克隆型遗传学上具有相关性但并不相同的细菌的集合,被称为是同源复合体(Theclonalcomplex),也叫克隆型。以其核心的基因型来命名。第22页，讲稿共31页，2023年5月2日，星期三

MLST和PFGE的比较

——两种不同的分子分型技术第23页，讲稿共31页，2023年5月2日，星期三不同分子分型方法比较分型方法分型力可分辨率可重复性结果易解释性易操作性费用RAPD较好较高一般一般简便低PCR-RFLP好一般一般一般简便低AFLP较好高一般好简便中MLST较好较高好好简便较高PFGE好高好好复杂较高MLVA很好高好好简便高第24页，讲稿共31页，2023年5月2日，星期三MLST和PFGE的比较

——两种不同的分子分型技术脉冲场凝胶电泳（PFGE）比较所确定的高度变异片段高分辨力不适于进行全面的流行病学调查及生物进化分析不同实验间重复性较差标准化技术数据库多位点序列分型（MLST）比较进化较慢的位点标准化技术数据库不同实验室间重复性好不适用于同血清型菌株间比较第25页，讲稿共31页，2023年5月2日，星期三MLST实例分析第26页，讲稿共31页，2023年5月2日，星期三

1.MLST方案（同MLSTDatabase）

第27页，讲稿共31页，2023年5月2日，星期三2.核酸序列信息的获取2.1样本来源54株结肠弯曲菌(C.coli)分离于2002年零售禽肉中，均为不重复菌株2.2PCR扩增2.3测序第28页，讲稿共31页，2023年5月2日，星期三3.结果分析3.1.MLST数据提交将测序序列在线递交至弯曲菌MLST数据库()进行分析,得出等位基因型、序列型以及序列型克隆系。第29页，讲稿共31页，2023年5月2日，星期三第30页，讲稿共31页，2023年5月2日，星期三3.2UPGMA分析ST序列型的发育树第31页，讲稿共31页，2023年5月2日，星期三**********MLST最早应用于脑膜炎奈瑟菌就是从11个备选基因中选出6个基因，后来出于流行病学原因增加一个位点(fumC)*******关于多位点序列分型第1页，讲稿共31页，2023年5月2日，星期三Contents两种分型方法的比较MLST的步骤MLST的方案设计MLST的由来实例分析第2页，讲稿共31页，2023年5月2日，星期三多位点酶电泳（Multilocusenzymeelectrophoresis,MLEE）根据酶的电泳迁移率的不同来描述变异选定管家酶淀粉胶检测不同电泳迁移速率电泳谱等位基因的变异性揭示微生物基因多样性第3页，讲稿共31页，2023年5月2日，星期三MLEE的缺点不能推断特殊位点的碱基序列不同实验室间的分型结果不能进行比较第4页，讲稿共31页，2023年5月2日，星期三MLST的首次使用MLST是由多位点酶电泳(MLEE)衍生出来的一种分型方法在1998年,Maiden等首次将MLST应用于脑膜炎奈瑟菌分型第5页，讲稿共31页，2023年5月2日，星期三多位点序列分型（MLST）一种基于核酸序列测定的细菌分型方法通过PCR扩增多个管家基因内部片段测定其序列，分析菌株的变异第6页，讲稿共31页，2023年5月2日，星期三MLST的原理MLST方法一般测定6~10个管家基因内部400~600bp的核苷酸序列，每个位点的序列根据其发现的时间顺序赋予一个等位基因编号，每一株菌的等位基因编号按照指定的顺序排列就是它的等位基因谱，也即是这株菌的序列型（sequencetype,ST）。这样得到的每个ST均代表一组单独的核苷酸序列信息。第7页，讲稿共31页，2023年5月2日，星期三