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基于新一代测序的数字基因表达谱生物信息学分析平台的建立及应用的综述报告

随着科技的进步和生物学研究的深入，越来越多的生物信息学技术被应用到基因表达谱的研究中。新一代测序技术在生物信息学研究中发挥了巨大的作用，因为它可以更深入地研究RNA表达水平和转录组学。本文将对数字基因表达谱的生物信息学分析平台的建立及应用进行综述。

数字基因表达谱生物信息学分析平台的建立

数字基因表达谱生物信息学分析平台是一个完整的生物信息学工具包，它可以用于新一代测序的数据分析和功能注释。该平台通常由RNA样本准备、RNA测序、序列质控、转录组拼装、差异表达分析、功能注释、网络构建和通路分析等步骤组成。主要包括以下几个方面：

第一，RNA样本准备。RNA样本准备通常包括RNA提取、RNA纯化、RNA浓度确定、RNA质量检测和RNA样本处理等。

第二，RNA测序。RNA测序是数字基因表达谱的重要组成部分，通常采用IlluminaHiSeq2500或IlluminaHiSeq4000等新一代测序仪器进行测序。该步骤的主要目的是将采集到的RNA转录本转换为cDNA文库，并进行高通量测序。

第三，序列质控。序列质控是数字基因表达谱的必要步骤，它可以帮助对数据进行筛选和质控。主要包括read质量和length的检查，去除氨基酸序列、低质量序列和接头序列等。

第四，转录组拼装。转录组拼装主要是将测序得到的reads通过软件进行拼装和分析，得到全长转录本和scaffold的基因组坐标。

第五，差异表达分析。差异表达分析是数字基因表达谱的重中之重，主要是对两组样本之间的RNA表达水平进行比较和分析，并找出最具有差异表达的基因进行进一步研究。

第六，功能注释。功能注释主要是将差异表达基因注释到各类数据库中，包括基因本体论、通路数据库、蛋白质相互作用库、基因功能注释库等。

第七，网络构建。网络构建是通过差异表达基因之间的相互作用关系，将其转化为网络关系图的过程。这样，可以方便地在生物学网络中理解差异表达基因之间的相互作用。

数字基因表达谱的应用

数字基因表达谱已被广泛地应用于生物医学研究，涉及生物信息学、生态学、医学等多个研究领域。以下是数字基因表达谱应用的几种主要方向：

第一，医学研究。数字基因表达谱已经在很多疾病的研究上起到了重要的作用。例如，在乳腺癌基因检测及新药研发中，数字基因表达谱帮助鉴定具有预测生存的分子标志，可能在临床上起到指导治疗作用。

第二，环境生态研究。数字基因表达谱可以作为环境生态研究的重要工具之一。例如，通过数字基因表达谱研究水生物的表达谱，可了解水生生物对环境污染物的响应和适应性。

第三，食品安全研究。在食品安全领域数字基因表达谱也有着广阔的应用前景。例如，通过数字基因表达谱技术检测食品中的基因、转录本水平的差异，了解食品中可能存在的毒素和有害物质对人体的影响。

第四，农业育种研究。数字基因表达谱是育种研究、植物改良和农业技术进步的重要工具。例如，可以利用数字基因表达谱技术进行对比分析，了解植物逆境条件下表达差异和遗传多样性，从而为植物育种和品种改良提供科学依据。

结论

数字基因表达谱技术作为一项重要的生物信息学技术，具有广泛的应用前景和研究意义。数字基因表达谱生物信息学分析平台的建立，进一步强化了数字基因表达谱的应用，可以对基因表达谱数据进行更精确、更全面的分析和解释，为相关领域的研究提供更准确、更丰富的数据分析和应用方法。随着数字基因表达谱技术的进一步发展和完善，数字基因表达谱在医学、环境、食品、农业等领域的应用将会越来越广泛。