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建立于18SrRNA基因测序基础上的锥虫分子分类学研究的任务书

任务背景：

锥虫是一类单细胞寄生原生动物，广泛分布于淡水和海水中，不仅生态意义重大，还是许多水生动物的寄生虫。但是，传统的锥虫分类学主要基于形态学特征，有些种类之间形态相似，同时存在着形态变异以及像素问题等困难。因此，建立基于分子技术的锥虫分类学在分类鉴别中发挥重要作用。

任务内容：

本次研究的目的是利用18SrRNA基因作为锥虫系统发育和分类的分子标记，建立基于18SrRNA基因测序基础上的锥虫分子分类学，探究不同锥虫基因的分子分类学重要性，验证分子方法分类鉴别锥虫的准确性和稳定性，并寻找新的锥虫分类标记。

主要任务：

1.收集锥虫样品，提取总DNA和基因组DNA

2.设计并合成18SrRNA基因引物、扩增和纯化目标片段

3.对PCR扩增产物进行Sanger测序并质控，得到可靠测序数据

4.基于18SrRNA基因序列和先前报道的锥虫分类信息，进行分类鉴定

5.进行分子进化分析和系统发育树构建等相关分析

6.利用分类鉴定的数据，探索锥虫系统发育和多样性演化等问题

7.运用分子技术寻找新的锥虫分类标记

任务要求：

1.筛选样品时应考虑样品的来源地、类型、数量等因素

2.18SrRNA基因引物的设计应基于已有的适宜引物和已经报道的锥虫分类信息

3.测序质量控制的标准应符合国际水平并进行合理的质量评价

4.分类鉴定和分子进化分析等方法应经过严谨的统计学校验和验证

5.选择合适的软件和工具进行数据分析和模型构建，并进行多方位的结果交叉验证

6.实验过程中应严格遵守实验室安全操作规程

任务成果：

1.完成锥虫样品的收集、提取和标本保藏等工作

2.获得锥虫18SrRNA基因序列数据和分类鉴别信息

3.在已知锥虫系统发育树的基础上，验证分子方法分类鉴别锥虫的准确性和稳定性，并寻找新的锥虫分类标记

4.撰写学术论文并进行学术报告，介绍研究设计、方法过程、结果分析与论证

5.对研究成果进行总结与反思，提出后续研究方向和未来发展趋势。