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基于随机森林的基因表达数据分类强度研究的中期报告

1.研究目的

本研究旨在探究基于随机森林算法在基因表达数据分类中的应用，包括分析随机森林特征重要性及其影响因素，并通过比较不同参数配置的随机森林分类算法的表现，探索最优配置。

2.研究方法

（1）数据集

使用GEO数据库中的GSE18520数据集，该数据集包含肺癌患者与正常个体的RNA-Seq数据。

（2）数据预处理

使用R语言中DESeq2包对数据集进行预处理，差异表达基因分析找出表达受肺癌影响的基因，保留样本中有显著变化的基因。

（3）实验设计

将数据集分为训练集和测试集，利用随机森林进行分类，评估其分类性能。

（4）特征重要性分析

使用随机森林算法提取特征重要性，并利用计算机视觉技术将重要性可视化。

（5）比较不同参数配置

通过比较不同参数配置的随机森林算法在基因表达数据分类中的表现来确定最佳配置。

3.预期成果

预计在该研究中，能够通过随机森林算法分析基因表达数据，并比较不同参数间的表现差异明显，进而找出最优算法配置。同时，预期能够得出特征重要性分析及其影响因素，为随机森林算法的应用提供指导。