AutoDock4.2官方使用教程中文版(Bioms小组翻译)AutoDock4.pdfVIP

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AutoDock使用教程翻译版V1.0

ByBioMS小组

AutoDockVersion4.2

AutomatedDockingofFlexibleLigandstoFlexibleReceptors

GarrettM.Morris,DavidS.Goodsell,MichaelE.Pique,WilliamLindyLindstrom,RuthHuey,StefanoForli,William

E.Hart,ScottHalliday,RikBelewandArthurJ.Olson

翻译人员：川大-灰太狼，天理-小，中大-小，大工-阿里巴巴

2023-11-20

生物分子模拟论坛

目录

自动对接

引言方法概述

版更内容

理论根底自由能函数的

概述使用AutoDock第

一步：预备坐标文件

使用AutoDockTools生成PDBQT文件

其次步：运行AutoGrid

利用AutoDockTools创立grid参数文件(GPF)

第三步：使用AutoDock进展对接

在AutoDockTools中生成对接参数文件(DPF)

第四步：评价对接结果对接记录文件中的信息

使用AutoDockTools分析对接结果

附录1：AutoDock文件格式

PDBQT格式的坐标文件

AutoGrid格点参数文件：GPF

原子参数文件格点文件：

Map格点的力场文件

AutoDock对接参数文件：DPF格式

附录2：利用AutoDock对接柔性环

引言

柔性环参

考文献

附录3.AutoDock参考文献

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自动对接

引言

Autodock是一个用于推测配体和生物大分子靶标之间相互作用的自动化程序。开发这一程序的灵感源于设计生

物活性化合物中遇到的问题，特别是计算机关心药物设计领域。生物大分子的X-射线衍射技术的进步为我们供

给了更多重要的蛋白和核酸分子的构造。这些构造可以作为生物活性物质的靶标，用于掌握动植物的疾病，或

者可以使人们简洁的理解活性物质在生物学方面的作用机理。准确的了解蛋白靶标和这些活性小分子之间的相

互作用是格外重要的。因此，我们的目标就是为科研工作者供给一个计算工具，帮助他们争论蛋白质与小分子

复合物的相互作用。任何对接计算都有两个相互冲突的方面需要平衡：在尽可能精准的计算与合理〔有限〕的计

算资源之间到达一个平衡。抱负的步骤是通过搜寻整个系统可能的自由度，在底物和目标蛋白的结合能中找到全

局能量微小值。然而这样的工作只能在大型的工作站上实现，并且消耗和构造生物学家进展晶体构造修饰相当的

时间。为了解决这一问题，很多对接软件简化了对接的步骤。Autodock通过两种方法的结合使用解决了以上的

问题：快速的基于格点能量的计算方法(rapidgrid-basedenergyevaluation)和有效的扭转自由度搜寻方法(efficient

searchoftorisionalfreedom)。

此教程介绍了Autodock使用的方法〔原理〕和文件格式，同时也供给了如何使用AutoDockTools生成对应的文

件以及分析结果的方法。

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开头使用Autodock

生物分子模拟论坛〔〕为各位愤青供给一个纯学术沟通平台，我们提倡Free的共享精神，让大家在一个浓郁的学术气氛中争论

和沟通。此AutoDock译文则是在这种精神的鼓舞下应运而生的。在此感谢各位译者的无私奉献！

本译文为第一版，参与者均为各高校