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杨树抗黑斑病相关miRNA的表达研究的中期报告
一、研究背景
黑斑病是一种杨树普遍存在的病害，严重影响杨树的生长和产量，给杨树产业带来了巨大的经济损失。为了探究杨树对黑斑病的抗性机制，本研究选取了一些已知与抗病有关的miRNA进行研究。
二、研究目的
通过比较病害程度不同的杨树株系的miRNA表达差异，筛选出与杨树抗黑斑病相关的miRNA，为进一步研究杨树的抗病机制奠定基础。
三、研究方法
1.杨树植物的选取与处理：本研究选取了抗黑斑病的杨树株系和易感株系各3个，并分别在夏季和秋季采集受感染的叶片样本和健康叶片样本。
2.RNA提取和质量检测：采用RNA简便快速提取试剂盒对样本进行RNA提取，并通过NanoDrop1000光谱仪检测RNA的质量和浓度。
3.构建文库和高通量测序：使用TruSeqSmallRNA文库体系将RNA分离出16-30nt的小RNA分子进行连接、扩增，并通过IlluminaHiSeq2000平台进行高通量测序。
4.miRNA的生物信息学分析：将测序数据进行过滤、去除低质量序列、匹配已知的miRNA序列，并比较不同株系、不同季节的miRNA表达差异，同时进行GO和KEGG通路富集分析和miRNA与mRNA的共表达分析。
四、中期进展
1.RNA提取和质量检测：已成功对所有样本进行了RNA提取，并检测到RNA的质量和浓度均在要求范围内。
2.构建文库和高通量测序：已完成对所有样本的文库构建和高通量测序。
3.miRNA的生物信息学分析：已对所有数据进行了初步的过滤和比对工作，确定了相关的miRNA序列；同时已完成了不同株系、不同季节的miRNA表达差异的分析、GO和KEGG通路富集分析和miRNA与mRNA的共表达分析。
五、下一步工作
1.对筛选出的相关miRNA进行验证，包括转录本定量分析、RT-PCR实验等。
2.对筛选出的miRNA进行功能研究，探究其与黑斑病抗性相关的分子机制。
3.结合研究成果，深入研究杨树对黑斑病的抗性机制，为杨树的产业发展提供一定的科学依据。
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