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关于举办“LAMMPS分子动力学与单晶结构解析及晶体可视化分析”线上培训的通知

各有关单位:

分子动力学模拟是一种研究分子体系结构与性质的重要方法，已被广泛用于化学化工、生物

医药、材料科学与工程等学科领域。计算机模拟的方法省时省力，可以用来求解解析理论无法求

解的问题，模拟实验做起来困难或不可能做的条件，得到更贴近实际体系的结果。LAMMPS分

子动力学程序是一款开源而免费的软件，常用于模拟液体中的粒子，固体和汽体的系综，也可以

采用不同的力场和边界条件来模拟全原子，聚合物，生物，金属，粒状和粗料化体系。单晶结构

解析是表征物质结构最直观，最有效的手段之一。通过单晶结构解析可获得化合物原子三维坐标

以及键合排列堆积信息，揭示材料深层结构与性能之间的关系，有助于获得重要的学术研究成果，

发表高水平的学术论文。目前许多研究工作者，尤其是从事药物合成、药物晶型、MOF、COF、

金属纳米团簇、钙钛矿等功能材料设计合成，新型晶态化合物等研究领域，对晶体结构解析有重

要需求。

本次培训由北京软研国际信息技术研究院主办，由互动派（北京）教育科技有限公司具体承

办，具体事宜通知如下：

一、培训目标：

1、两个课程各四天，采用“2+2”教学体系，分两阶段小班授课，对知识进行由浅入深，

层层递进，系统讲解；从简单的例子学起，走通整个模拟流程，理解并掌握in文件的结构、语

法及常用命令；掌握复杂体系的模型建立、模拟过程in文件的编写、轨迹文件及数据后处理。

通过认真阅读文献，能够编写in文件，以复现文献的结果，在此基础上开展自己的研究。

本次培训应用目前最新的图形界面化（GUI）程序Olex2平台，加载最新PLATON2020、

Shelxl2018、supperFlip、Sir2019等单晶结构解析程序来解析单晶结构；运用通用、经典

最新的三类算法，提供同步辐射测试数据以及不同衍射仪原始图片数据还原的处理方法。

2、采用线上实训、课堂上连麦答疑、课下班级群指导的教学方式；通过本次培训，让学

员掌握晶体结构解析技术，处理常见的晶体结构解析问题，满足日常的晶体结构解析需要，学

会绘制晶体图，检索晶体数据库，对晶体结构信息进行有效利用与提取，发表高水平的学术论

文。课堂上建立专属班级交流平台，学员学完后可以继续在班级群与老师同学交流问题，巩固

学习内容，从而更好地满足学员不同方面的论文及实际科研需求。

二、时间地点：（两个课程各四天）

Lammps分子动力学：

2021年11月20日—11月21日在线直播

2021年11月27日—11月28日在线直播

单晶结构解析与晶体可视化分析与应用：

2021年11月20日—11月21日在线直播

2021年11月27日—11月28日在线直播

北京软研国际信息技术研究院互动派（北京）教育科技有限公司

二零二一年十月十五日二零二一年十月十五日

三、培训课表：

“LAMMPS分子动力学模拟技术与应用”培训班大纲（第十五期）

课程内容

1分子动力学模拟入门理论——掌握LAMMPS的in文件中实现这些功能的命令

1.1系综理论

1.2主要算法介绍

第一天上午1.3单位制

MD基础知识1.4积分步长的选取

1.5温度和压力控制

1.6周期性边界条件

1.7力场简介

1.8分子动力学模拟流程

2LAMMPS的基础入门——初识LAMMPS是什么？能干什么？怎么用？

2.1LAMMPS在win10和ubuntu系统的安装及使用