一种自动化分子动力学模拟方法、装置、存储介质及设备.pdfVIP

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2024-03-30 发布于四川
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本发明公开了一种自动化分子动力学模拟方法、装置、存储介质及设备。所述方法包括以下步骤：(1)对待计算的体系(如蛋白、DNA或RNA)进行识别、分化和预处理，补齐缺失原子，选择力场并生成相应拓扑文件；对待计算的小分子物质进行加氢、猜测电荷、生成力场和拓扑文件等操作；(2)根据选择的力场和模拟参数自适应的构建模拟体系，包括构建模拟盒子、溶剂化及添加阴阳离子中和等内容；(3)预置常见的分子动力学模拟协议，可方便的针对不同计算场景进行快速的选择和配置；(4)自动化运行分子动力学模拟；(5)分析分子动力学

(19)国家知识产权局

(12)发明专利申请

(10)申请公布号CN117789840A

(43)申请公布日2024.03.29

(21)申请号202311850066.5

(22)申请日2023.12.29

(71)申请人上海智峪生物科技有限公司

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