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水稻SBP基因家族生物信息学分析

水稻SBP基因家族生物信息学分析

摘要：SBP(squamosapromoterbindingprotein,SBP)基因家族是植物所特有的一

类重要转录因子，

广泛参与植物生长、发育以及多种生理生化反应的信号传导。水稻是目前为止基因组

测序相当完整的一类植物，而且水稻也是现在人类生存赖以依存的粮食，因此水稻早已成

为分子生物学研究的重点对象，进行水稻基因组信息挖掘与分析对于水稻功能基因组学的

发展具有重要意义。本实验以植物（水稻）特异转录因子SBP基因家族为实例，讲述如何

利用生物信息数据库资源和软件工具，对该基因家族进行分析。本章所用数据主要来自北

京大学生物信息中心（）构建的植物转录因子数据

库，研究对象主要为水稻基因组中29个SBP转录因子基因。所用生物信息学工具包括基

因结构显示、双序列比对、蛋白质功能域识别、蛋白质保守域预测、序列图标构建、多序

列比对、系统发育树构建、，以及蛋白质二级、三维结构空间图形显示等。本实验结果均为

水稻SBP基因家族的进一步功能分析提供了重要研究基础。

关键词：水稻、SBP家族、生物信息学

引言：我们知道，转录前调控、转录调控和转录后调控是真核生物基因表达调控的重

要组成部分，其

中转录调控通过顺式作用元件和反式作用因子相互作用实现。顺式作用元件

（cis-element）泛指DNA序列一个片段，通常位于被调控基因的上游，主要包括启动子

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（promoter）、增强子（enhancer）和抑制子（suppressor）三类。反式作用因子泛指

与顺式作用元件直接或间接结合并参与靶基因转录过程的调控因子，通称转录因子

（transcriptionfactor）。转录因子可以分为两大类，即通用转录因子（general

transcriptionfactor）和特异转录因子（specifictranscriptionfactor）。通用转录因子与

靶基因上游约10-35位的TATA框（TATA-box）或启动子区域转录起始位点

（transcriptionstartsite）DNA序列结合，并与II型RNA聚合酶一起，形成转录起始

复合物。特异转录因子种类繁多、功能复杂，它们与靶基因上游各种特定DNA序列片段

结合，激活或抑制靶基因转录活性，以调控靶基因在不同组织、不同细胞、不同环境条件

下特异表达。如无特别说明，通常所说的转录因子即指特异转录因子。一、结果与分析1.

水稻SBP的挖掘

先到Pfam数据库中去搜索SBP结构域(domain),其标识号应该是xxx（PF03110）,

获取它的HMM序列文件。从TIGR水稻数据库(The

TIGRRiceDatabaserelease6.0）下载水稻基因组12条染色体的蛋白质序列。然后利用

基于隐马尔科夫模型的HMMER程序(版本3.0)来搜索,E=10-10的序列被认为是水

稻中的含有SBP结构域的候选序列（共31条）。再利用SMART在线工具分析结构域,把

没有显示SBP结构域蛋白除掉（3条）,最后得到水稻的SPB基因基因家族成员。2.基

因结构分析

将从TAIR获得的水稻SPB家族基因的CDS序列和对应的全基因组序列,利用

GeneStructureDisplayServer(绘出基因结构图

表120条基因结构图

3.蛋白质分析

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1）利用序列保守结构域识别系统网站（MultipleEMforMotifElicitation,