基于生物信息学分析湿性年龄相关性黄斑变性的氧化应激相关基因及靶向防治中药筛选.docxVIP

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2024-04-17 发布于江苏
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基于生物信息学分析湿性年龄相关性黄斑变性的氧化应激相关基因及靶向防治中药筛选.docx

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中草药2024年1月第55卷第1期ChineseTraditionalandHerbalDrugs2024JanuaryVol.55No.1·181·

·数据挖掘与循证医学·

基于生物信息学分析湿性年龄相关性黄斑变性的氧化应激相关基因及靶向防治中药筛选

崔高畅1，AmyYiHsanSaik1，张新慧2，马玉玮1，杨早1*

1.东姑阿都拉曼大学M.Kandiah医学与健康科学学院，雪兰莪加影43000

2.宁夏医科大学药学院，宁夏银川750004

摘要：目的利用生物信息学方法筛选湿性年龄相关性黄斑变性（wetage-relatedmaculardegeneration，wAMD）的氧化应激相关差异表达基因及靶向中药，以期为wAMD的预防和治疗提供新思路。方法从GEO数据库中筛选数据集，利用R软件limma包筛选差异基因，从Genecard数据库筛选氧化应激差异基因，并利用韦恩图得到共有基因。应用Metascape对氧化应激差异基因进行基因本体（geneontology，GO）和京都基因与基因组百科全书（Kyotoencyclopediaofgenesandgenomes，KEGG）分析，并通过String数据库构建蛋白质相互作用（protein-proteininteraction，PPI）网络，再通过Cytoscape软件筛选出wAMD中氧化应激的关键（Hub）基因。采用GSE103060数据集验证Hub基因的差异表达。利用CoremineMedical预测靶向中药。结果经筛选共得到差异表达基因1874个，其中上调基因747个，下调基因1127个。KEGG富集分析表明，差异表达基因主要富集于细胞外基质受体相互作用、黏附斑激酶通路、河马（Hippo）信号通路、晚期糖基化终末产物-晚期糖基化终末产物受体（advancedglycationendproducts-receptorforadvancedglycationendproducts，AGE-RAGE）信号通路、钙信号通路和磷脂酰肌醇-3-羟激酶（phosphatidylinositol-3-hydroxykinase，PI3K）/蛋白激酶B（proteinkinaseB，Akt）信号通路。通过PPI网络筛选得到与wAMD氧化应激密切相关的8个Hub基因，分别为IL6、EGFR、HIF1A、APOE、FN1、PPARG、EDN1和NGF。最后在GSE103060数据集中验证了以上Hub基因的显著差异表达。利用CoremineMedical预测人参、黄芪、枸杞子、丹参、银杏叶等可作为预防或治疗wAMD的靶向中药。结论通过对wAMD芯片的挖掘和生物信息分析，差异基因主要富集于氧化应激的相关通路与wAMD的氧化应激相关基因引起的。防治wAMD的首选中药为人参、黄芪、枸杞子、丹参和银杏叶等26种。这将对理解和探索wAMD的中医药防治策略有重要意义。

关键词：生物信息学；湿性年龄相关性黄斑变性；氧化应激；中药筛选；人参；黄芪；枸杞子；丹参；银杏叶

中图分类号：R285文献标志码：A文章编号：0253-2670(2024)01-0181-09

DOI:10.7501/j.issn.0253-2670.2024.01.019

Analysisofoxidativestress-relatedgenesinwAMDbasedonbioinformaticsandscreeningoftargetedtraditionalChinesemedicineforpreventionandtreatment

CUIGaochang1,AmyYiHsanSaik1,ZHANGXinhui2,MAYuwei1,YANGZao1

1.M.KandiahFacultyofMedicineandHealthSciences,UniversitiTunkuAbdulRahman,SelangorKajang43000,Malaysia2.FacultyofPharmacy,NingxiaMedicalUniversity,Yinchuan750004