DNA条形码-植物完整版.pptVIP

汇报题目

植物DNA条形码的研究

汇报内容概念标准现状现状不过，COⅠ在植物中应用效果较差，因此，核糖体ITS序列和质体rbcL、matK和trnH-psbA等序列也相继被引入植物的DNA条形码研究，并处于热门研究中。优点步骤与原理样品采集DNA提取CTAB法原理:CTAB(Hexadecyltrimethylammoniumbromide,十六烷基三甲基溴化铵)，是一种阳离子去污剂,具有从低离子强度溶液中沉淀核酸与酸性多聚糖的特性。在高离子强度的溶液中(0.7mol/LNaCl),CTAB与蛋白质和多聚糖形成复合物，只是不能沉淀核酸.通过有机溶剂抽提，去除蛋白、多糖、酚类等杂质后加入乙醇沉淀即可使核酸分离出来。DNA提取DNA检测PCR原理：PCR（PolymeraseChainReaction）即聚合酶链式反应，是指在耐热DNA聚合酶与启动子的参与下，以母链DNA为模板，以特定引物为延伸起点，通过变性、退火、延伸等步骤，体外复制出与母链模板DNA互补的子链DNA的过程。是一项DNA体外合成放大技术，能快速特异地在体外扩增任何目的DNA。PCR引物设计引物设计原则PCR条形码设计主要步骤：PCR操作PCR体系（总体积20μl）：ddH2O适量10×PCRbuffer2μldNTPmix(2.5mM)2μlprimer1(10pmol/μl)2μlprimer2(10pmol/μl)2μlTaq酶1-2UTemplate1ul（质粒10ng足够，不要超过1ug）PCR产物PCR产物检测：采用凝胶电泳法，方法同DNA检测。测序与分析测序：PCR产物纯化后送生物试剂公司测序测序与分析测序与分析测序与分析测序与分析测序与分析测序与分析测序与分析提交序列测序与分析取样DNA提取PCRPCR测序与分析序列提交1、植物与动物的质粒DNA同是母系遗传，为什么植物却找不到像动物一样的适合于大多数物种的一个基因片段2、为什么理想状态下，15对碱基序列就可以解决地球上所有物种的鉴定，但是却找不到这样子的共同序列3、DNA条形码扫描仪的开发，这个对物种的鉴定的意义虽然DNA条形码研究还处于起步阶段，面临巨大挑战，但是，越来越多的研究表明DNA条形码可以广泛应用于生物的分类和鉴定，是一种简便、高效、准确的物种鉴定技术，已经在动物、植物和微生物等研究中取得了显著成果，是生命科学领域发展最快的学科前沿之一。问题及解决方法1、模板并不是越多越好，最好不要超过1ug/反应体系；2、循环次数不是越多越好，循环越多，非特异性产物的量亦随之增多；3、不建议轻易采用增加Mg离子浓度或引物浓度来摸索扩增条件；4、如果出现影响试验的非特异带，建议首先改变退火温度来消除，其次可以将引物和dNTP的浓度降低至原来的一半。如果延伸时间过长，非特异产物也易产生。如果非特异仍然无法消除，而非特异又影响后续试验，可以考虑更换引物；5、如果扩增不出条带，先要检验一下引物序列有否错误，然后分析模板质量是否过关，模板本身是否可靠，还有扩增酶是否活性依然。在三者都可靠的情况下，再摸索不同的退火温度，退火和延伸时间及循环数。几点建议问题及解决方法1、FASTA格式要求序列的标题行必须以大于号“”开头，下一行起为具体的序列。一般建议每行的字符数不超过60或80个，以方便程序处理2、“＞”后可以是种属名称，也可以是序列在Genbank中的登录号(AccessionNo.)，自编号也可以，不过需要注意名字不能太长，一般由英文字母和数字组成，开首几个字母最好不要相同，因为有时ClustalX程序只默认前几位为该序列名称。3、通常需要对进化树进行编辑，这时首先要Edit-Copy至PowerPoint上，然后Copy至Word上，再进行图片编辑。如果直接Copy至Word则显示乱码，而进化树不能正确显示。问题及解决方法注意：1、对GenBank而言，序列没有什么“新”、“旧”之分。这个“新”，应该理解为“新确定”(newlydetermined)或者“新测定”(newlysequenced)的核酸或蛋白序列。并不是说找不到和它完全相同的序列才是“新序列”；2、将PCR产物测序以后，Bla