(107)--9.1.2 合成生物学的内容.ppt

第九专题合成生物学第九专题合成生物学第十三专题合成生物学第九专题合成生物学第九专题合成生物学第九专题合成生物学第九专题合成生物学第九专题合成生物学第九专题合成生物学第九专题合成生物学*Synthesizearound50-70bp合成生物学的内容1.生物积块（BioBrick）：包括各种生物分子的合成与模块化、亚细胞模块、生物合成的基因网络、代谢途径和信号转导通路、转运机制等。2.积块接口：如调整和修改输入-输出过程、调整不同亚细胞组件间的层次化相互作用等使模块具有可拆装性。3.开放平台：优化生物或非生物载体，达到提高工程系统效率、降低其维护成本和要求、提供某种特殊的“敏感性”及对环境的兼容性等目的。尚辅网/4.调控和通讯系统：包括生物部件的反馈、前馈机制以及行为和通讯方式的模块化。5.数学模拟：各种功能模块的逻辑结构与仿真、预测算法和相应软件等。1.生物大分子的合成与模块化蛋白质的工程化改造与模块化核酸分子的人工合成蛋白质的工程化改造与模块化需要开发模块化、标准化的人工蛋白模块。标准化的人工蛋白模块可以通过蛋白的自身结构域——锌指结构重新组合来巧妙地实。人工突变是构建具有崭新功能的蛋白质或活性酶的最常用方法。利用信号蛋白能够在蛋白质-蛋白质相互作用水平进行功能重编程的特性，通过蛋白模块的构建和改造还可以对信号通路进行构造和改变。锌指结构蛋白质与DNA特异序列结合区域核酸分子的人工合成随着人类基因组计划的胜利完成,一些基本技术,例如基因组测序和DNA从头合成速率,已取得里程碑性的突破。基因组测序速率过去10年增加了500倍以上,而测序成本下降了3个数量级以上。据预测,新的测序技术将使人的基因组测序成本降低到1000美元。DNA合成速率过去10年增加了700倍以上,每年都在翻番。更为重要的是利用可编程的DNA微芯片,实现了精确的多通道基因合成,从而可在短时间合成大的DNA片段,而且错误率很低,组装一个14.6kb的DNA只有两个错误,这就导致DNA的合成成本大大降低。DNASynthesis(Caruthersmethod)ErrorRate:1%0.9950=0.60300secondsperstep2生物基因组的人工合成、简化与重构2002年，合成脊髓灰质炎病毒（Poliobirus)的全基因组（7500bp）2003年，J.C.Venter的研究小组合成了噬菌体ΦX174基因组（5386bp)；2005年美国研究人员人工合成了“西班牙流感病毒”；2008年，Venter小组又合成了生殖道支原体(Mycolasmagenitalium)基因组（582790kb），这是第一个人工合成的原核生物基因组；尚辅网/2008年12月，Becker等设计并合成了重组的蝙蝠SARS样冠状病毒；2010年5月，Venter小组又人工合成了蕈状支原体基因组，实现了第一个具有人造基因组的活细胞；同年10月，该小组等使用8个只含有60个核苷酸的DNA片段，在5天内合成出了实验鼠的线粒体基因组，得到的基因组能够纠正具有线粒体缺陷的细胞内的异常。Venter小组实验鼠的线粒体基因组合成方法示意图“最小基因组”和“必需基因组”现已对14种原核生物和7种真核生物基因组进行了实验，鉴别出1万余个必需基因，存放在必需基因数据库DEG5.2中，如生殖道支原体（Mycoplasmagenitalium）有386个必需基因、大肠杆菌的最小基因组目前已经确定的有151个基因等。此外，其它研究者还将T7噬菌体基因组进行重构，使其更易于细胞底物背景的量化和模拟分析。3.合成代谢网络目前，合成代谢网络主要是利用转录和翻译控制单元调控酶的表达以合成或分解代谢物。对于合成代谢网络而言，在异源宿主中均需要确保编码代谢途径的多个基因的协调与平衡。因此，对代谢网络相关基因及调节元件的合理筛选仍然是一个挑战。此外，合成代谢途径的设计还必须充分考虑细胞的自然生长和进化过程对于网络参数稳定性的影响。4遗传/基因线路的设计与构建遗传线路（geneticcircuit），俗称“基因线路”(genecircuit），类似于电磁学中描述电器件关系的“Circuit”方法，用于研究基因受蛋白质、mRNA等物质调控的关系和相应的数学模型。在合成生物学中，遗传线路是由各种调节原件和被调节的基因组合成的遗传装置（geneticdevice），可以在给定条件下可调、