实验四蛋白质序列结构的获取和显示.ppt

*每个PDB文件可能分割成一系列行，由行终止符终止。在记录文件中每行由80列组成。每条PDB记录末尾标志应该是行终止符。PDB文件中每行都是自我识别的。每行的前六列存放记录名称，左对齐空格补足.必须和规定的记录名称一致。PDB文件也可看成是各种记录类型的总和。每个记录类型包括一行或多行又被更深一层分成各字段。**连通性部分?

CONECT(原子间的连通性有关记录)?CONECT详细的描述了已给出坐标的原子间的连通性。而这种连通性是以该记录的原子序列号的形式表现的。CONECT记录是用来描述那些非标准残基（包括水）和那些在标准连通性表中没有被详细列出的键。

簿记?

1MASTER(版权拥有者)?

2END(文件结束)**CXCR4Structures?ofthe?CXCR4?chemokine?GPCR?with?small-molecule?and?cyclic?peptide?antagonists.**用上述的方法把选择的残基（sele）改名为s1。点击S1行的S选择sticks，C选择byelements,点击L选择residures显示出残基名称.在这个例子中发现其中有一个N含有3个氢键有两个可以找到与其连接的氨基酸残基，另一个找不到，这是因为这个氢键可能是与水分子形成的，水分子在pdb文件中只用一个O表示，sticks显示方式没有显示出来水分子，点击all行S选择nonbonded，此时就看到一个水与N形成氢键，点击分子空白处，然后点击选择这个水分子，更改它的名字为w。在all行点击H，选择lines，在选择nonbonded，把这些显示方式去掉只留下cartoon。点击w行s选择nb-spheres.**点击右上角的ray，等待一会，完成后就发现图片好多了，这时千万不要再在图片上点击了，赶快保存图片。*第三步：观察数据信息1XKI第32页,共57页，2024年2月25日，星期天第33页,共57页，2024年2月25日，星期天第四步：1XKI结构展示图第34页,共57页，2024年2月25日，星期天第35页,共57页，2024年2月25日，星期天下载PDB结构文件第36页,共57页，2024年2月25日，星期天5.数据结构PDB中对于每一个结构记录，包含名称、参考文献、序列、一级结构、二级结构和原子坐标等信息。每条记录有两种序列信息，一种是显式序列信息(explicitsequence)，一种是隐式序列信息(implicitsequence)。第37页,共57页，2024年2月25日，星期天在PDB文件中，以关键字SEQRES作为显式序列标记，以该关键字打头的每一行都是关于序列的信息；PDB的隐式序列即为立体化学数据，包括每个原子的名称和原子的三维坐标。第38页,共57页，2024年2月25日，星期天PDB文本文件，用写字板打开标题部分分子类别—转运蛋白该文件的公布日期该化合物的pdb代码该化合物的来源结构测定者名字REMARK是此pdb文件的参考书目、最大分辨率、注解等第39页,共57页，2024年2月25日，星期天第40页,共57页，2024年2月25日，星期天一级结构杂因子第41页,共57页，2024年2月25日，星期天二级结构连接注释晶胞特征及坐标变换第42页,共57页，2024年2月25日，星期天连通性部分?坐标部分1-6“ATOM或HETATM”7-11原子序列号13-16原子名称18-20残基名22链标识符23-26残基序列号31-38X坐标39-46Y坐标47-54Z坐标55-60位置61-66温度因子79-80原子带的电荷77-78元素符号第43页,共57页，2024年2月25日，星期天三结构显示软件-PyMOL简介/All指所有的对象，3ODU指刚才打开的文件，(sele)是选择的对象按钮A:代表对这个对象的各种action，S：显示这个对象的某种样式，H：隐藏某种样式，L：显示某种label，C：显示的颜色第44页,共57页，2024年2月25日，星期天点击all中的H，选择everything，隐藏所有点击3ODU中的S，选择cartoon，以cartoon形式显示蛋白质点击3ODU中的C，选择byss，以二级结构分配颜色，选择点击右下角的S，窗口上面出现蛋白质氨基酸序列，找到1164位IT