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一种基于能量和结构的microRNA成熟体预测方法的开题报告

一、研究背景

MicroRNA（miRNA）是一类在哺乳动物细胞中广泛存在的30~22个核苷酸的非编码RNA序列，可以通过与靶基因mRNA的互补结合控制靶基因的表达，是细胞内重要的基因调控元件。miRNA的成熟过程往往是由特异的核酸内切酶Dicer介导的，但是Dicer活性的对于成熟体的准确识别具有限制性，时常存在识别精度不高或错误判断的情况，因此构建一个能够准确判断成熟体的预测模型是非常有必要的。

目前，已经有许多研究基于机器学习、深度学习等技术构建了miRNA成熟体的预测模型，但这些方法往往只基于miRNA的序列信息，没有考虑到miRNA成熟体的结构和能量特征对于其成熟的影响，因此，在miRNA成熟体预测的研究中引入miRNA序列的结构和能量特征，可能对于提高miRNA成熟体预测的准确性有较大的帮助。

二、研究目的与意义

本研究旨在通过引入miRNA序列的结构和能量特征，构建一种基于能量和结构的miRNA成熟体预测模型，并通过比较其在不同数据集上的预测准确性,分析该模型的优劣之处，对本领域的miRNA成熟体预测的相关研究工作进行探索与丰富，从而为miRNA的功能研究和医学应用提供有价值的参考。

三、研究方法

本研究将主要基于两个方面来构建基于能量和结构的miRNA成熟体预测模型，一是miRNA序列的二级结构信息，二是miRNA序列的自由能信息。对于miRNA序列的二级结构信息，我们将采用基于RNAfold工具进行预测，采用MFE（minimalfreeenergy）的最小值作为miRNA序列的结构能量信息，而对于miRNA序列的自由能信息，我们将采用NUPACK工具进行预测，得到miRNA序列的自由能信息。

基于以上的能量和结构信息，我们将采用相关的机器学习方法对于miRNA序列进行特征提取和分类建模。在进行模型构建时，我们将通过交叉验证等方法，从已有的训练数据集中挑选出合适的模型并通过评价指标对于模型的准确性进行评估。

四、预期成果

通过本研究，我们希望能够构建出一种基于能量和结构的miRNA成熟体预测模型，并在不同的数据集上对其进行测试与验证，同时探索分析该模型的优劣之处和其应用前景，从而为基于miRNA的研究工作提供有价值的指导和参考。