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跨地区经营汇总纳税企业多缴退税纠纷案例

跨地区经营汇总纳税企业多缴退税纠纷案例

 乙公司是甲公司下属分公司，属于跨地区经营汇总纳税企业，企业所得税采取

分季预缴的方式，由甲公司所在地A税务机关核定预缴额。2011年9月乙公司

向B税务机关预缴企业所得税60万元，当年因经营不善未实现企业所得税，企

业所得税汇总清算后，乙公司对多缴的税款同意抵缴下一年度应缴税款，2012

年～2013年度甲公司均未实现企业所得税。2013年10月10日，乙公司申请注

销税务登记，B机关为其办理了注销手续。2015年6月，甲公司申请注销税务登

记，A机关在税务清算时，认定已注销的乙公司多缴60万元企业所得税。2015

年8月，甲公司根据A机关出具的税收清算结论，向B机关提出退税申请。B机

关认为，乙公司已经注销，且多缴的税款已过3年，根据征管法第五十一条规定，

申请退税的时效届满。

 甲公司申辩：因企业所得税实行法人所得税制度，其作为总机构对已注销的分

支机构，多缴的企业所得税应享有申请退还税款权。对于多缴的税款，《国家税

务总局关于印发〈跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理暂行办法〉的通知》

（国税发〔2008〕28号）规定，各分支机构不进行企业所得税汇算清缴。依此

规定，由甲公司汇总清算，乙公司不进行汇算清缴。2012年度汇总清算时，根

据《国家税务总局关于印发〈跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理办法〉的

公告》（国家税务总局公告2012年第57号）规定，乙公司对于多缴的税款选择

抵缴以后年度税款。

 在B机关为乙公司办理注销税务登记时，依征管法实施细则第十六条规定，纳

税人在办理注销税务登记前，应当向税务机关结清应纳税款。而事实上，B机关

未进行企业所得税清算，直到A机关对甲公司税收清算时，才确认多缴了税款。

因此，结算缴纳税款之日为2013年10月10日，根据规定退税申请时效未届满，

对乙公司多缴的税款应予以退还。

 B机关回复，乙公司预缴税款的结算日是2012年5月30日，多缴的税款应根

据国税发〔2008〕28号文件第二十二条第二款规定，由甲公司所在地主管税务

机关办理退库，于是做出不予退库的决定。甲公司不服，申请税务行政复议。法

理分析国家税务总局公告2012年第57号第三条规定，汇总纳税企业实行统一计

算、分级管理、就地预缴、汇总清算、财政调库的企业所得税征收管理办法，这

类企业的多缴税款退库，其申请退税权的发生、实现和消灭具有独立特性，分析

如下。

 申请退税权的发生：按照税收法定原则，税款缴纳没有法律原因，申请退税权

就应即时发生。如果预缴的税款未经税收核定，申请退税权也应即时发生；如果

预缴的税款进行了税收核定，申请退税权何时发生，就会因法律原因的不同而有

所区别。依据行政法的一般理论，税收核定一经作出就会产生拘束力，除非存在

重大且明显的瑕疵而无效，否则，即便存在违法情节，纳税人仍有义务遵守，此

时，纳税人是遵守行政程序所确定的义务。企业所得税实施条例第一百二十八条

规定，企业所得税分月或者分季预缴，由税务机关具体核定。57号公告第七条

规定，由总机构所在地主管税务机关具体核定。因此，汇总纳税企业的预缴核定

具有形式效力，成为缴纳税款的法律原因，只有预缴核定被撤销、废弃或汇总清

算后，预缴税款才会缺法律原因，申请退税权才会发生。

 申请退税权的实现：当然，有人会问，如果预缴核定是违法的行政行为，申请

退税权如何实现？笔者认为，按照行政法的一般法理，并基于法律安定性的要求，

违法的预缴核定不是无效则为有效，在其被撤销或者废弃之前，不仅对纳税人具

有拘束力，对税务机关同样具有拘束力。无论是税务机关发现纳税人多缴税款，

还是纳税人自己发现多缴税款，在税收退还之前必须先撤销或废弃原有的预缴核

定。因此，撤销或废弃预缴核定或者汇总清算，成为汇总纳税企业多缴税款退库

的前提。

 申请退税权的消灭：由于企业经营的连续性与所得税按年汇总清算的周期性，

抵销实际成为汇总纳税企业申请退税权最为普遍的消灭途径。除此之外，由于时

效届满，申请退税权的消灭或无法行使，也是一种比较重要的形式。

 抵消：预缴税款是为担保纳税义务的履行，其本身并不是一项独立的实体法义

务，从预缴税款之日起就享有申请退税权。不过，汇总纳税企业不能申请退还，

这是因为，其依照法律规定进行预缴，只能在汇总清算确定应纳税额之后用于彼

此的抵销。对于抵销之后预缴税款仍然多出的部分，可以申请退还，也可以考虑

留待下一年度抵销。例如，57号公告第十条规定，汇总纳税企