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CHIKV、SINV和JEV可视化基因芯片的建立及初步应用中期报告

中期报告

一、研究背景

Chickungunya病毒（CHIKV）、辛比西亚病毒（SINV）和乙脑病毒（JEV）是卫生部公布的三类甲报传染病之一，它们都是由蚊子传播的病毒，常见于热带和亚热带地区。这三种病毒感染后症状相似，表现为发热、头痛、肌肉疼痛等，严重时可导致死亡。目前，国内外针对这三种病毒的检测方法主要有PCR、ELISA和免疫荧光等，存在着操作复杂、成本高昂、检测效率低等不足之处。因此，建立一种更为快速、准确、高通量的检测方式对于这些病毒的研究和防控具有重要意义。

基因芯片技术是一种高通量、快速、准确、高灵敏度的检测方式，得到广泛应用。通过基因芯片可以同时检测数千种基因，在生物医学和生物技术领域具有广泛的研究价值。本研究旨在建立CHIKV、SINV和JEV可视化基因芯片，实现这三种病毒的快速、准确检测，并为其进一步研究提供基础数据。

二、研究内容

1.设计寡核苷酸引物和建立芯片探针库

根据已有文献报道的CHIKV、SINV和JEV的关键基因序列，我们设计了一批寡核苷酸引物，用于扩增这些基因序列。通过PCR扩增得到了相应病毒的基因片段。随后，使用芯片探针设计软件设计合适的引物，将这些基因片段转化为芯片上的探针序列。构建CHIKV、SINV和JEV可视化基因芯片探针库，共涵盖了每种病毒关键基因家族的核酸序列，为后续基因芯片的设计和制备提供了基础数据。

2.建立CHIKV、SINV和JEV可视化基因芯片

根据芯片探针库的设定，使用芯片制备设备将寡核苷酸探针定向打印在玻片芯片上，构建了CHIKV、SINV和JEV可视化基因芯片。芯片上一共包含31107个探针，覆盖了每种病毒关键基因家族的核酸序列，可同时检测3种病毒的多种基因。

3.芯片效果验证

将不同病毒组织提取出来的总RNA样品分别反转录为cDNA，并分别标记为Cy3和Cy5，分别加入到芯片处理液中，加样后芯片进入探针与目标DNA的特异性杂交反应，通过高分辨扫描仪对反应结果进行高通量扫描分析和自动图像分析。通过分析芯片处理液中的数据，我们发现，在CHIKV、SINV和JEV目标DNA存在的情况下，芯片处理液中的反应信号明显上升，而在目标DNA不存在的情况下，则反应信号很弱或不存在。这表明，该基因芯片可成功地检测CHIKV、SINV和JEV，并具有较好的特异性。

三、研究结论

本研究成功建立了CHIKV、SINV和JEV可视化基因芯片，用于同时检测这三种病毒的多种基因。对芯片处理液的实验结果表明，该基因芯片具有较好的特异性和敏感性，可以为病毒的早期检测和进一步研究提供准确数据。

四、研究意义

本研究的成功建立了CHIKV、SINV和JEV可视化基因芯片，可为早期检测和预防这三种病毒感染提供有效技术手段；同时，该技术可应用于生物医学和生物技术领域的其他病毒检测和研究，具有广泛的应用前景。