研究文章开放使用下一代转录组测序鉴定牛肌肉中大型基因间非编码动物-identification of large intergenic non coding rnas bovine muscle using next generation transcriptomic sequencing.pdfVIP

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研究文章开放使用下一代转录组测序鉴定牛肌肉中大型基因间非编码动物-identification of large intergenic non coding rnas bovine muscle using next generation transcriptomic sequencing.pdf

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Billereyetal.BMCGenomics2014,15:499

RESEARCHARTICLEOpenAccess

Identificationoflargeintergenicnon-coding

RNAsinbovinemuscleusingnext-generation

transcriptomicsequencing

1,2,3,4†1,2†5,61,27

ColineBillerey,MekkiBoussaha,DianeEsquerré,EmmanuelleRebours,AnisDjari,

1,273,41,2*

CédricMeersseman,ChristopheKlopp,DanielGautheretandDominiqueRocha

Background:Theadventoflargescalegeneexpressionhashelpedtorevealineukaryoticcells,the

existenceofthousandsofnoncodingtranscripts,whosefunctionandsignificanceremainmostlypoorlyunderstood.

Amongthesenoncodingtranscripts,longnoncodingRNAs(lncRNAs)aretheleastwellstudiedbutareemergingas

keyregulatorsofdiversecellularprocesses.Inthepresentstudy,weperformedasurveyinbovineLongissimusthoraciof

lincRNAs(longintergenicnoncodingRNAsnotoverlapproteincodingtranscripts).Toourknowledge,thisrepresents

thefirstsuchstudyinbovinemuscle.

Results:ToidentifylincRNAs,weusedpairedendRNAsequencing(RNASeq)toexplorethetranscriptomesof

LongissimusthoracifromnineLimousinbullcalves.Approximay14–45millionpairedendreadswereobtained

perlibrary.Atotalof30,548differenttranscriptswereidentified.Usingacomputationalpipeline,wedefined

astringentsetof584differentlincRNAswith418lincRNAsfoundinallninemusclesamples.BovinelincRNAs

sharecharacteristicsseenintheirm

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