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NCBI中Blast种类及使用简介

NCBI中Blast种类简介

1．BlastAssembledGenomes

在一个选择的物种基因组序列中去搜索。

2．BasicBlast

2.1nucleotideblast用核酸序列到核酸数据库中进行搜索，包括3

个程序

2.1.1Blastn核酸序列（n）到核酸序列数据库中搜索，是一种标准的

搜索。

2.1.2mgablast该程序使用“模糊算法”加快了比较速度,可以用于

快速比较两大系列序列。可以用来搜索一匹ESTs序列和大的cDNA或基因组序

列,适用于由于测序或者其他原因形成的轻微的差别的序列之间的比较

2.1.3discontiguousmgablast与mgablast不同的是主要用来比较

来自不同物种之间的相似性较低的分歧序列。

2.2ProteinBlast

2.2.1Blastp蛋白质序列到蛋白质序列数据库中搜索，是一种标准的

搜索。

2.2.2psi-blast位点特异迭代BLAST—用蛋白查询来搜索蛋白资料

库的一个程式。所有被BLAST发现的统计有效的对齐被总和起来形成一个多次对

齐，从这个对齐，一个位置特异的分值矩阵建立起来。这个矩阵被用来搜索资料

库，以找到额外的显著对齐，这个过程可能被反复迭代一直到没有新的对齐可以

被发现。

2.2.3PHI-BLAST以常规的表达模型为特别位置进行PSI-BLAST检索,

找出和待查询序列具有一样的表达模型且具有同源性的蛋白质序列。

2.3TranslatingBLAST

2.3.1blastx先将待查询的核酸序列按6种读框翻译成蛋白质序列,

然后将翻译出的蛋白质序列与NCBI蛋白质序列数据库比较。

2.3.2tblastn先将核酸序列数据库中的核酸序列按6种读框翻译成

蛋白质序列,然后将待查询的蛋白质序列与翻译结果进行比较。

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2.3.3tblastx先将待查询的

核酸序列和核酸序列数据库中的核酸序列按6种读框翻译成蛋白质序列,

然后再将两种翻译结果在蛋白质水平上进行比较

3．SpecializedBlastSpecializedBLASTpages可以对特殊生物或特殊

研究领域的序列数据库进行检索。

例：CD-Search

CD-Sarch是使用RPS-BLAST程序以一个蛋白质序列与保守结构域数据

库(ConservedDomainDatabas)做比较。

PairwiseBLAST

PairwisBLAST是用BLAST程序实现两个序列之间的比较。选择“序列1”

为待比较序列,则“序列2”就是被比较序列。

IgBLAST—IgBLAST被开发出来以便於分析在GenBank中的免疫球蛋白的序

列。它允许用blastp或blastn来搜索nr资料库或一个由免疫球蛋白生殖系变

化区基因的特殊的资料库。搜索可以限制在人类或小鼠的基因。IgBLAST执行三

个主要的功能∶1）报告与查询序列最相似的可变，D，或J区，2）根据Kabatet

al.来注解免疫球蛋白domains（从FWR1到FWR3），3）对於搜索核酸或蛋白nr

资料库，通过匹配IgBLAST的发现和最接近的生殖系变化区基因来简化识别相关

序列的过程。

等等。。。。。。。。。

在线BLAST的使用方法