序列的同源比较及分子系统学和分子进化分析教学课件.pptVIP

第五章：序列的同源比较及分子系统学和分子进化分析第一节：简介n第二节：相似序列的获得n第三节：多序列比对n第四节：系统发育分析n第五节：其他分子标记在生物系统学中的应用n5/21/20241

第一节：简介生物学研究中常用的方法之一是通过比较分析获得有用的信息。n过去进化学家和分类学家为衡量物种间亲缘关n系的密切程度，花大量的精力把形态学特征数量化，希望以量化的形态学差异来表示物种间进化距离，但工作量大，标准不统一，导致进展缓慢。现如今，以大量公开的核酸和蛋白质数据为基础，利用序列分析的计算机软件构建生物进化树来研究各物种间的进化关系。5/21/20242

在本章里研究进化关系所用的软件，我们在应用这些软件时会遇到很多专业术语和应用的计算机程序。这些陌生的术语对于初学者的我们没必要搞清，只要会用就可以了，但要做出非常专业的进化分析则必须搞清每个专业术语的含义。n构建系统树有很多的方法和步骤，我们会逐步学习，但不管采用什么样的方法，都有一些值得注意的问题：n5/21/20243

第二节：相似序列的获得对一段序列进行进化分析的基础是获得此序列大量的n同源序列，包括同一物种和不同物种之间，当序列有足够的相似性性，我们才能推断序列之间是否具有同源性。同源性的判断是质的判断，进化分析是量的结果，两者之间如何进行统一，就是要有假设，当序列之间相似性超过一个值时，认为其是同源的。n序列相似的原因有两个：一是来自于同一祖先，然后发生分歧，二是两个序列来自于不同的祖先，在相似的选择压力下发生趋同进化，形成相似序列。n5/21/20244

三、VASTnVAST是NCBI的相似结构搜索工具，它将一个新的蛋白质三维结构与PDB或MMDB数据库中的结构进行比较，通过结构比较，可以发现通过序列比较而无法发现的远程同源蛋白质。nVAST算法是基于统计以下的结构相似性比较算法，VAST在评价结构相似显著性时，不过多的考虑微小子结构因偶然因素而形成的相似关系，而是着重考虑结构域的相似性。nnhttp:///structure/VAST/5/21/20245

VAST的比较有三个步骤：nn首先，在数据坐标的基础上，标出所有构成蛋白质核心部分的ɑ螺旋和β片层。然后根据这些二级结构单位的位置计算向量。使用这些向量进行结构比对而不是整个一套坐标。然后算法试图最佳地匹配这些向量，寻找类型和相对方向相同的成对结构单位，并且在这些单位之间还要有同样的连接方式。n最后，在每个残基位置上使用蒙特卡洛方法对结构的比对进行优化。(1LFL)n5/21/20246

第三节：多序列比对用于多序列比对的程序开发是一个很活跃的领域，目前，绝大多数的方法均是基于渐进比对的概念。n渐进比对的方法假设了参与比对的序列存在亲缘关系，在算法上下功夫，以寻求计算速度与获得最佳比对之间的平衡。n一、CLUSTAL.Wn5/21/20247

CLUSTAL是一个单机版的基于渐进比对的多序列比对工具，由HigginsD.G.等开发。有应用于多种操作系统平台的版本，包括linux版，DOS版的clustlw，clustalx等。nCLUSTAL是一种渐进的比对方法，先将多个序列两两比对构建距离矩阵，反应序列之间两两关系；然后根据距离矩阵计算产生系统进化指导树，对关系密切的序列进行加权；然后从最紧密的两条序列开始，逐步引入临近的序列并不断重新构建比对，直到所有序列都被加入为止。n5/21/20248

CLUSTAL.W工作原理Clustal输入多个序列快速的序列两两比对，计算序列间的距离，获得一个距离矩阵。邻接法(NJ)构建一个树（引导树）根据引导树，渐进比对多个序列。5/21/20249

CLUSTAL.W应用1.输入输出格式。输入序列的格式比较灵活，可以是前面介绍过的FASTA格式，还可以是PIR、SWISS-PROT、GDE、Clustal、GCG/MSF、RSF等格式。输出格式也可以选择，有ALN、GCG、PHYLIP和NEXUS等，用户可以根据自己的需要选择合适的输出格式。5/21/202410

CLUSTAL.W的应用2.两种工作模式。a.多序列比对模式。b.剖面(profile)比对模式。3.一个实际的例子。5/21/202411

多序列比对实例步骤输入文件的格式(fasta)：KCC2_YEASTNYIFGRTLGAGSFGVVRQARKLSTN……DMK_HUMANDFEILKVIGRGAFSEVAVVKMKQTGQVYAMKIMNK…….KPRO_MAIZETRKFKVELGRGESGTVYKGVLEDDRHVAVKKLEN……DAF1_CAEELQIRLTGRVGSGRFGNVSRGDYRGEAVAVKVFNALD……1CSNHYKVGRRIGEGSFGVIFEGTNLLNN