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不同生长阶段慈竹笋转录组的研究的开题报告

1.研究背景

慈竹（Phyllostachysedulis）是我国南方常见的一种竹类植物，具有经济价值和生态价值。慈竹笋是慈竹的食用部分，含有丰富的蛋白质、糖类、维生素等营养物质，是一种非常受欢迎的食品。然而，慈竹在不同生长阶段的笋的营养成分和味道存在差异，影响着其商业价值，因此研究笋的生长与发育机理，对于解决这一问题具有重要的意义。

转录组是研究生物基因表达的关键工具，在研究生物的生长与发育、逆境响应、基因家族演化等方面发挥着重要作用。利用转录组技术研究不同生长阶段慈竹笋的基因表达谱和代谢途径的变化，可以更好的理解笋的生长与发育机理，为优化慈竹的种植和笋的产业化提供理论依据。

2.研究目的和意义

本研究的主要目的是利用IlluminaHiSeq2500高通量测序技术，分析不同生长阶段慈竹笋的转录组，研究慈竹笋的生长与发育机理，揭示其生长规律和代谢途径的变化。具体目标包括：

（1）利用RNA-seq技术建立不同生长阶段慈竹笋的转录组数据库；

（2）分析不同生长阶段慈竹笋的基因表达谱和不同代谢途径，探究笋的生长与发育机理；

（3）筛选出与笋生长发育相关的关键转录因子和代谢途径，为慈竹的育种和种植提供理论依据。

通过该研究，可以揭示笋的发育规律和代谢途径的变化，为优化慈竹的种植和笋的产业化提供理论依据，同时为竹类植物的生长发育机理研究提供参考。

3.研究方法

（1）慈竹笋样本的采集和处理

分别从慈竹植株的不同生长阶段（幼笋期、壮笋期和老笋期）采集笋样，并进行处理，以保证RNA的完整性和质量。

（2）mRNA的获取和建库

采用Trizol提取笋样中的总RNA，采用Oligo（dT）磁珠富集mRNA，并采用NEBNextUltraRNALibraryPrepKit实现建库，建立转录组数据库。

（3）转录组高通量测序

利用IlluminaHiSeq2500平台进行高通量测序，得到原始测序数据，并进行过滤、去除连接器、低质量序列和比对到基因组上。

（4）生物信息学分析

对测序数据进行质量控制、组装和注释，并进行基因差异表达分析、富集分析和网络分析，筛选出笋生长发育相关的关键转录因子和代谢途径。

4.预期成果

利用转录组技术，本研究将建立不同生长阶段慈竹笋的转录组数据库，并分析笋生长发育的基因表达谱和不同代谢途径，筛选出与笋生长发育相关的关键转录因子和代谢途径。预期成果如下：

（1）建立慈竹笋不同生长阶段的转录组数据库；

（2）分析笋的生长与发育机理，揭示其基因表达谱和不同代谢途径的变化；

（3）筛选出与笋生长发育相关的关键转录因子和代谢途径，为慈竹的育种和种植提供理论依据。