酶学及酶工程.ppt

乙酰辅酶A羧化酶因BCCP能和羧基键合，在羧化反应中起重要作用。如乙酰辅酶A羧化酶。第31页,共33页，星期六，2024年，5月磷酸泛酰巯基乙胺泛酰巯基乙胺可通过磷酸二酯键和蛋白质的丝氨酸羟基结合，形成酰基携带蛋白（ACP）。ACP在脂肪酸代谢反应中起着重要作用。这些辅基通过共价键和酶结合，实际上已成为酶的一个组成部分。第32页,共33页，星期六，2024年，5月感谢大家观看第33页,共33页，星期六，2024年，5月关于酶学及酶工程第二章酶的结构与功能第三节酶的活性部位及催化机理第2页,共33页，星期六，2024年，5月一、酶的活性部位模型假说1.锁钥模型假说锁钥模型假说提出了酶作为生物催化剂有一个重要特点，即实现催化的必要条件是底物必须在酶上特异性结合。酶上存在特定的结合部位，结合部位与底物之间存在互补的特点，就像锁和钥匙的关系，因而造成酶催化反应的很强的专一性。结合部位是酶的活性中心的组成部分。第3页,共33页，星期六，2024年，5月底物在活性部位的结合力底物和结合部位有形状的配合，使底物的原子与结合部位的原子有尽可能多的接近到范德华半径内。除范德华力，稳定底物结合的力还有离子间引力、氢键和疏水作用，侧链、辅基和底物之间存在相应的配合。按锁钥模型假说，酶的活性中心空间结构是刚性的。第4页,共33页，星期六，2024年，5月2.诱导契合模型假说后来的研究发现自由酶的活性部位和底物间并不精确地像锁钥匙一般配合，从而提出了诱导契合模型假说。该假说认为，酶与底物结合时，结合力促使酶和底物分别发生一些构象的变化，从而更有利于催化反应的发生。构象变化使活性部位和底物达到精确配合，结合更紧密，并使催化基团处于更有利于催化的位置上。底物形变造成应力状态会使发生反应的键变弱，降低反应的活化自由能，使反应速度增加。形变所需的能量则是由结合能提供的。第5页,共33页，星期六，2024年，5月诱导契合示意图底物诱导酶活性部位发生形变，反作用力使底物也相应形变，达到底物和活性部位完全契合。诱导契合模型是目前酶学界的主流认识。第6页,共33页，星期六，2024年，5月诱导契合—锁钥新模型探索蚯蚓蛋白酶I有三种蛋白酶活性：凝血酶Th，胰凝乳蛋白酶Ch，尿激酶U。发现该酶作用Th或Ch底物后，U活性下降。但与U底物作用后不影响Th和Ch活性。而Th和Ch底物刚性，U底物相对柔性。——R.Panetal.JBC,2010；第7页,共33页，星期六，2024年，5月该酶活性部位含有荧光基团。测定表明该酶与Th或Ch底物结合后内源荧光有较大变化，但和U底物结合后变化不大。用低浓度胍扰动该酶活性部位也造成荧光变化，但结合过Th或Ch底物后再用胍扰动荧光变化不大了。用蚯蚓蛋白酶II、枯草杆菌蛋白酶、乳酸脱氢酶也能得到类似的结果。表明这些酶活性部位有较大构象变化后会维持该构象,再作用按锁钥模型,形成先诱导契合再锁钥的机制。有无普遍性还需证明。——张子健，博士论文，2013第8页,共33页，星期六，2024年，5月二、活性部位的催化理论1.活性部位的组成按功能，酶的活性部位包含底物结合部位和催化基团两部分。底物在酶上的结合可有效地降低反应所需的自由能，是酶反应的必要基础。降低反应自由能的因素包括邻近效应，定向效应和形变效应。催化基团实施具体的催化反应。如酸碱催化，共价催化。第9页,共33页，星期六，2024年，5月活性部位的组成成分形成活性部位的组成成分包括主链结构，侧链基团和辅基。主链形成活性部位的基础形状。侧链基团完成活性部位的构成，是活性部位的主要成分。很多酶还包含金属或有机辅基，它们虽不是肽链的一部分，但紧密结合在酶分子中，并实际参与了活性部位的形成，有的是结合部位的一部分，有的本身是催化基团，还有的能够传递中间产物。第10页,共33页，星期六，2024年，5月2.酶催化的热力学原理过渡态和活化能化学反应通过过渡态完成，形成过渡态需要活化自由能。酶促进过渡态形成，并和过渡态结合更紧密。因此过渡态类似物往往是优良的专一性抑制剂。第11页,共33页，星期六，2024年，5月活化自由能非催化反应的活化能高，反应不易进行，速度慢。与酶结合成复合物时底物变为过渡态，结合能提供了所需的活化能。由复合物进行反应所需要的活化能就少了。酶的催化功能主要是由于降低了反应活化能，从而提高了反应速度。k=(kbT/h)e–ΔG/RT第12页,共33页，星期六，2024年，5月酶降低活化自由能的方式ΔG=ΔH–TΔS1）熵因素：底物结合于酶使其自由度减少，ΔS是负值而增加系统自由能，据计