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?一?综合数据库

NCBI数据库集

美国国立生物技术信息中心〔NationalCenterforBiotechnologyInformation〕，即我们所熟知的NCBI是由美国国立卫生研究院〔NIH〕于1988年创办。创办NCBI的初衷是为了给分子生物学家提供一个信息储存和处理的系统。除了建有GenBank核酸序列数据库〔该数据库的数据资源来自全球几大DNA数据库，其中包括日本DNA数据库DDBJ、欧洲分子生物学实验室数据库EMBL以及其它几个知名科研机构〕之外，NCBI还可以提供众多功能强大的数据检索与分析工具。目前，NCBI提供的资源有Entrez、EntrezProgrammingUtilities、MyNCBI、PubMed、PubMedCentral、EntrezGene、NCBITaxonomyBrowser、BLAST、BLASTLink(BLink)、ElectronicPCR等共计36种功能，而且都可以在NCBI的主页上找到相应链接，其中多半是由BLAST功能开展而来的。

1NCBI最新进展

1.1PubMed搜索功能的增强

去年，NCBI对PubMed进展了几项改良工作，改动最大的是搜索界面和摘要浏览界面。其中，搜索界面中新增了“AdvancedSearch〞选项〔这实际上是对以往“Limits〞和“Preview/Index〞功能的整合〕，并且增加了一个新的窗口，用户可以在此窗口下通过“论文作者名〞、“论文所属杂志名称〞、“论文出版日期〞等限定条件进展搜索。而且，“论文作者名〞和“论文所属杂志名称〞还设有文本框自动填充功能。现在，在PubMed数据库中进展文本搜索的同时还可以立即通过两个“内容传感器〔contentsensors〕〞进展分析。一个“内容传感器〞是根据作者姓名、所属杂志名称或杂志名缩写、出版日期、卷号或刊号等信息进展分析，然后将符合条件的搜索结果排列到结果列表的顶端。另一个“内容传感器〞是根据文章是否与用户给出的条件，例如是否与某种药物相关，在NCBI的新增数据库PubMedClinicalQA中进展搜索，然后给出搜索结果。

1.2新增Primer-BLAST分析工具

2021年，NCBI新增了设计、分析PCR引物的工具——Primer-BLAST。Primer-BLAST的引物设计功能是基于NCBI现有的Primer3程序开展而来的，Primer3程序可以为一段DNA模板序列设计PCR引物。Primer-BLAST在设计出引物之后还在某些相应数据库中进展BLAST搜索，因此可以得到特异性引物，扩增出目的片段。用户在给出DNA模板的同时还可以限定正向引物或反向引物，这样，NCBI就只会给出另一条引物。如果用户给出了模板DNA和两条引物序列，Primer-BLAST就只会运行BLAST程序，帮助用户对引物进展分析。用户也可以只给出两条引物而不给出模板序列，这时Primer-BLAST会通过BLAST程序分析出与这对引物最匹配的模板序列。Primer-BLAST进展BLAST搜索的数据库包括RefSeqmRNA、BLASTnr和12种模式生物基因组数据库。

1.3BLAST的改良及更新

NCBI对BLAST进展了全新的改版，推出了最新的webBLASTreport。在最新的BLAST比对结果页面中，“图形化概要〔GraphicSummary〕〞、“具体描述〔Descriptions〕〞以及“序列比对〔Alignments〕〞等局部页面都可以展开和收起。此外，网页上还提供了“结果输出格式选项〔Formatting〕〞和“结果下载选项〔download〕〞，在下载选项中还新增了CSV格式下载。这样，读者可以轻松地将BLAST的比对结果输入到表格处理软件中去。另外，BLAST比对结果页面上的“Alignments〞局部还提供了每一条命中序列在EntrezGene中的相关信息，这些信息包括基因名称、来源物种以及在PubMed数据库中与该基因有关条目的数目等。

“BLASTtree〞结果输出模式可以测量不同序列间的距离，自动收起亚类信息等。现在，可以以Newick格式或Nexus格式下载BLASTtree结果，也可以在进化树图中选择任一节点重新构树。最后还要向读者介绍NCBIBLAST的一个新HYPERLINK。NCBI建议读者都使用这个网址登陆NCBIBLAST，因为该BLAST使用更多的计算机进展分析，也具有更强的系统容错能力。

1.4EntrezGene改良及更新

基因组注释工作当中有一项重要的工作就是定位基因重叠群序列〔con