sars冠状病毒的基因组变异与进化分析.doc

PAGE1/NUMPAGES1

sars冠状病毒的基因组变异与进化分析

SARS冠状病毒摹因组的变异和进化研究致谢首先我要感谢我的导师冯明光教授和沃森基因组研究院的于军教授能够提供我这个学习机会，使我对科学研究有了更进一步的认识。

感谢他们在我学习期间对我的指导，鼓励和帮助。

他们渊博的专业知识，严谨的科学态度，活跃的科研思维以及崇高的敬业精神给我留下了深刻的印象。

他们让我知道了如何成为一个优秀的科研工作者：

勤奋、毅力和奉献。

所有的这些都将使我受益一生。

本篇论文完成离不开众多老师、同学和朋友的热心帮助与大力支持。

在此要感谢杭州华大中心的包其郁教授和田薇老师，在研究中给予了热心的指导和帮助并提供了诸多方便。

感谢生产部的徐建成在准备试验材料、定购药品和实验测序等诸多方面提供的帮助。

感谢沃森基因组研究院的各位亦师亦友的同学和朋友们，他们是王建斌、张忠华、张兵、苏志熙、叶杰华、田相军、刘贵明、杨亮、黄志华、黄琼、方永军、曾晓薇、贾佳、陈欢等其它在实验室工作学习的同学。

他们都在工作、生活和学习中提供了无私帮助。

我尤其感谢包其郁教授帮助我共同完成实验以及发表论文撰写。

同时，也感谢我的父母、朋友，感谢他们对我生活上和学习上的关心、鼓励和支持。

有你们的关心支持，才使得我顺利地完成三年的学业。

商磊2005年5月于杭州SARS冠状病毒基因组的变异和进化研究摘要2003年3月，一种新的冠状病毒(CoV)--SARS冠状病毒被确认为引起SARS(scvereacuterespiratorysyndrome)的病原。

在本研究中，我们获取了lO株直接来源SARS病人粪便或咽拭予样本及其细胞传代培养物的SARS．CoV全基因组序列，并会同公共数据库中的115株SARSCoV基因组序列进行了系统地比较分析。

以GZ02序列为参照，发现266个在2个以上基因组中同时存在的单核营酸多态(SNP)位点。

这些多态位点在SARSCoV基因组中呈偏态分布。

同时发现了18种主要的缺失类型和2种主要的插入类型，定义了2种与发病时期及致死率相关的基因型。

s蛋白在发病早期受到最大的正向选择压力，然后逐步稳定下来。

我们应用邻位连接法(ncighbor-joining)构建了125株SARSCoV的亲缘树。

通过来源于同一病人的直接取样样本及其细胞传代培养物的SARS．CoV基因组序列对比分析发现，在细胞培养过程中SARSCoV基因组序列几乎不会产生突变，但取样时间策略将会影响这一过程。

推测这种现象有可能是由于细胞传代培养过程会选择出某种优势株病毒造成的。

关键{司：

SARS冠状病毒：

基因组；单核苷酸多...