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核酸抽提的基础
近期撰写了一个对于核酸抽提的基础现状的底稿;没有去找参照书润饰,所
以会有点纷乱。第一申明的是:这篇东西只为有必定核酸抽提基础知识的人准备,同
时也将会实时改正。那些分子生物学的过客,最好不要看本文;一是我的思想有
点跳跃,二则是没有必需糟践自己的时间。
写这篇东西的此外一个原由是,我向来在思虑怎样简化经典的无介质的核酸抽
提程序。最经典的是裂解一步,去蛋白质一步,核酸积淀一步;DNAzol将这三步并
成了一步,按道理已经简化到了极致。事实是,DNAzol并无被大家认同,其原由大
体仍是质量不太靠谱吧。此刻也有使用ProteinaseK消化后直接积淀核酸的方法,
三步简化成了两步,可我总感觉醇的积淀不行能完全去除ProteinaseK。明年大体
还没有生物学的诺贝尔奖会花落中国的,那么先求得一
个核酸抽提最简单的非介质方法世界当先怎样?一笑!也必定。
1、核酸抽提原理
简单地讲,核酸抽提包含样品的裂解和纯化两大步骤。裂解是使样品中的核
酸游离在裂解系统中的过程,纯化则是使核酸与裂解系统中的其余成分,如蛋白
质、盐及其余杂质完全分其他过程。
经典的裂解液几乎都含有去污剂(如SDS、TritonX-100、NP-40、Tween20
等)和盐(如Tris、EDTA、NaCl等)。盐的作用,除了供给一个适合的裂解
环境(如Tris),还包含克制样品中的核酸酶在裂解过程中对核酸的损坏(如
EDTA)、保持核酸构造的稳固(如NaCl)等。去污剂则是经过使蛋白质变性,损
坏膜构造及解开与核酸相连结的蛋白质,进而实现核酸游离在裂解系统中。裂解系
统中还可能加入蛋白酶;利用蛋白酶将蛋白质消化成小的片段,促使核酸与蛋白质
的分开,同时,也便于后边的纯化操作以及获取更纯的核酸。也有直接使用高浓度
的蛋白质变性剂(如GIT、GuHCl等)裂解的,该方法已经成为了RNA抽提的主
流,却不是DNA抽提的主流。
最常用的纯化方法,一是PC抽提+醇积淀,二是介质纯化。第一种方法是
利用PC对裂解系统进行频频抽提以去除蛋白质,实现核酸与蛋白质的分别;再用
醇将核酸积淀下来,实现核酸与盐的分别。第二种方法例是利用某些固项介质,在某
些特定的条件下,选择性地吸附核酸,而不吸附蛋白质及盐的特色,实现核酸与
蛋白质及盐的分别。高盐积淀去除蛋白质是第一种纯化方法的一个变体,省略了
PC操作的麻烦。自然,也有不纯化的抽提方法,可是用途多限制于简单的PCR。
其余杂质-如多糖、多酚等的去除,基本上都是在这两种方法的基础上,
经过增添一些特其他试剂,或许增添一些额外的步骤来实现的。
2、裂解方法的评论
含蛋白酶的裂解方法,仍旧能够以为是抽提基因组DNA的首选。裂解包含膜
蛋白的游离和与基因组DNA相连结的蛋白质的游离。蛋白酶的作用是使蛋白
质变小,故而对蛋白质的游离有巨大的促使作用;同时,巨大的基因组DNA是
很简单“缠”住大分子的东西的,蛋白质被蛋白酶消化变小后,则不简单被基因组
DNA“缠”住,有益于蛋白质在纯化操作中的去除,使最后获取的基因组DNA的
纯度更高。此外一个思路是,假如基因组DNA与蛋白质“缠”在一同,在纯化的
过程中有两种可能:假如DNA的特征占优势,则纯化时以DNA的形式被保存下
来,致使蛋白质的残留;假如蛋白质的特征占优势,则纯化时以蛋白质的形式被去
除,致使DNA的损失。此外,象有些样品,如肌肉,即便是RNA抽提,
也激烈建议使用含蛋白酶的裂解液,原由在于这些样品中的蛋白质,是特别难以
去除的。
高浓度蛋白质变性剂(如GIT、GuHCl等)的裂解方法,是抽提RNA的
首选。总RNA的抽提,最重要的是快速裂解细胞膜,至于与基因组
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