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#软件工具#JModeltest使用说明
作者：21Daniel
地址：1
JModeltest是用于构建分子进化树时，选择合适的核苷酸替代矩阵的一
个工具包，这个软件和之前的Modeltest工具包具有相同的功能，但是
原来的工具还必须使用PAUP*，而PAUP*是一款软件，也就
是说没有在PAUP*的情况下，Modetest无法使用。但是JModeltest的
使用不需要PAUP*，因此使用起来更为方便，省下了逛，求软件
的痛苦历程。并且该软件用JAVA编写，能够跨平台使用。目前
JModeltest里面具有11个基本的核苷酸替代模型，再加上各种参数的
不同组合，一共有88种替代模型。网上有一些英文的，但大多还
是针对Modeltest，而JModeltest使用起来更为方便。
工具：JModeltest
地址：
补充工具：Clustalx
地址：
1.使用Clustalx工具进行多序列比对，将结果为FASTA格式
Clustalx工具是一种多序列比对工具。本次实验我使用的是
2.0.12版本，和以前的输出格式相比，又多了一种新的输出格式——
FASTA格式，这个格式是将比对结果中的gap用“-”替换，然后
成一般的序列格式，这个格式对接下去JModeltest的使用十分重要。
一般情况下FASTA格式并不是默认的输出格式，需要在设置中添
加。
首先，打开Clustalx,再选择Alignment-OutputFormatOptions，
在弹出的框中将FASTAformat打上勾即可。另外，Jmodeltest也
可以使用NEXUS格式。
注意事项：
A.输出时记得要对输出的文件名进行修改，否则会把原来的文
件替换掉；
B.进行比对时，比对文件必须放在纯英文的路径下，否则软件无法
2.JModeltest的使用：
JModeltest下来后不需要再安装，直接运行即可。使用起来
也简单易懂。
首先，点击File-Loadalignment，比对结果的
FASTA格式文件文件，选择需要进试的模型，点击Analysis
-Computelikelihoodscores，弹出框：
框提供了4种不同模式进行计算，每种模式包含的模型具体如
下：
3schemes:JC,HKYandGTR.
5schemes:JC,HKY,PM1,andGTR.
7schemes:JC,HKY,PM1,TIM1,TVMandGTR.
11schemes:JC,HKY,PM1,TPM2,TPM3,TIM1,TIM2,
TIM3,TVMandGTR.
选择好这后就可以点击开始计算。当然，选择的模型越多，计
算的速度越慢。计算完，还需要统计AIC，Analysis-DoAIC
calculation。AIC是用来评
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