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基因检测在互联网医疗领域的应用

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一基因检测的发展历史

人类基因组计划被誉为生命科学的“登月计划”，是由美国科学家在1985年率先提出，于1990年正式启动，至2000年6月26日，首个人类基因组草图绘制工作正式完成。美国、英国、法国、德国、日本和我国科学家共同参与了这一预算达30多亿美元的计划。[1]该计划旨在解析人类基因组约31.6亿个碱基对的序列，破译人类遗传信息，解开人体内2万～2.5万个基因的密码，同时绘制出人类基因图谱，使人类第一次在分子水平上全面地认识自我，是人类为了探索自身的奥秘迈出的重要一步。[2]

2004年，美国国家人类基因组研究所（NationalHumanGenomeResearchInstitute，NHGRI）启动了基因组测序计划（GenomeSequencingProgram，GSP），旨在迅速降低基因组测序费用，扩大基因组信息在医学研究和医疗服务中的应用。由NHGRI官网数据可知，2004年GSP计划开始启动时的基因组测序费用仍高于1000万美元，2007年起测序费用降至100万美元以下。2007～2012年每个碱基的测序费用下降了4个数量级，已经超过了经济学上的“摩尔定律”效应。2015年，基因组测序费用已降至1000美元。[3]

2019年1月第36届J.P.Morgan大会上，华大基因表示基于其自主测序平台BGISEQ-500，将以600美元的低价引领个人全基因组测序（WholeGenomeSequencing，WGS），进入百元美金时代，并提出了“2020计划”——在2020年以前，华大基因有望在24小时内完成一个人全基因组样本制备、测序和数据分析等所有内容，并将价格控制在300美元以内。[4]

集成电路的摩尔定律，让芯片价格大幅下降，使个人电脑成为可能，互联网络逐渐萌芽和兴盛。基因检测成本下降超过摩尔定律，这又将给人类社会带来怎样的可能？

二基因检测的核心技术

基因测序产业链上游为仪器研制、试剂耗材与配套软件开发等，其中以基因测序仪为代表的生产商，给中下游服务环节提供最基本的测序支撑。这是核心技术高筑壁垒的重要部分，也是测序产业链的起点和关键环节。下面我们对目前主流应用的测序技术，及其所对应的代表企业与仪器做简要介绍。

第一代DNA测序技术（Sanger法）又称“双脱氧法”测序，由生物化学家FrederickSanger于1977年发明，其特点是测序读长可达1000bp，但因测序成本高、通量低，而无法满足大规模应用，目前多用于测序结果验证。

下一代高通量测序技术（NextGenerationSequencing，NGS），也称为二代测序技术，2005年454LifeScience公司划时代地推出了基于焦磷酸测序原理的GenomeSequencer20测序系统，随后Illumina公司和LifeTechnologies公司分别在2006年和2007年相继推出Solexa高通量测序系统和SOLiD高通量测序系统，[5]上述三种高通量测序系统的出现标志着新一代高通量测序技术的诞生。此外，同属高通量测序技术的还包括2010年LifeTechnologies公司收购IonTorrent后推出的IonPGM/IonProton测序系统，以及华大收购美国CompleteGenomics（CG）公司后推出的基于CG平台的BGISEQ、MGISEQ等一系列测序平台。

高通量测序的技术核心是边合成边测序（SBS）或边连接边测序（SBL），本质上均是通过捕捉新合成的末端标记来实现对DNA序列测定，技术特征为高通量与自动化。高通量测序技术的出现，使得对一个物种的基因组和转录组深度测序成为可能，其在保持高准确性的同时，大大降低了测序成本、提高测序速度，因此是目前测序领域的主要贡献者。[6]目前在全球拥有自主知识产权，可实现量产化临床级高通量测序仪的公司仅有美国Illumina、ThermoFisher及中国华大智造三家公司。

第三代测序技术的最大特点就是单分子测序，以PacBio公司的SMRT单分子荧光测序技术和OxfordNanoporeTechnologies的纳米孔单分子测序技术为标志。与前两代相比，单分子测序的技术优势是测序过程无须PCR扩增，测序读长较长，但目前该技术的单读长错误率偏高，需重复测序纠错，成本相对较高，因此未能成为主流测序技术。基因测序技术与代表公司及测序仪对比见表1。

表1基因测序技术与代表公司及测序仪对比

测序技术

读长范围

技术优势

技术不足

代表公司及测序仪系列

Sanger法测序

400bp～1Kbp

长度长，准确率高

通量低、成本