1223S09002-组学大数据工程概论-2023版人才培养方案课程教学大纲.docxVIP

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ADDINCNKISM.UserStyle《组学大数据工程概论》课程教学大纲

（理论课程·2023版）

一、课程基本信息

课程号

1223S09002

开课单位

生命科学学院

课程名称

（中文）组学大数据工程概论

（英文）AnIntroductiontoBigDataEngineeringinomicse

课程性质

选修

考核类型

考查

课程学分

2

课程学时

34

课程类别

专业拓展课

先修课程

分子生物学

适用专业（类）

生物信息学

二、课程描述及目标

（一）课程简介

《组学大数据工程概论》课程是本专业（类）的一门学科拓展课课程，通过对生命组学信息学基本原理、研究方法和基本技术的介绍，利用计算机技术和各种统计学、生物学等领域的知识，对高通量的生物学实验数据进行处理、存储、分析和应用的过程，使学生了解和掌握生命组学大数据处理的基本手段，掌握蛋白质组学为核心的生命组学信息学中疾病机制、分类、诊断、预后和治疗等重要技术，能够从海量的生物学数据中提取有用的信息，为生物学研究提供支持，对应医疗保健、药物研发等方面有着深刻意义。

（二）教学目标

课程目标1：掌握的组学大数据工程概论基本知识、研究方法和应用，了解蛋白质的结构和功能，以及蛋白质组学在生物学和医学等领域的应用。

课程目标2：通过对生命组学信息学基本原理、研究方法和基本技术的介绍，使学生了解和掌握生命组学大数据处理的基本手段。

课程目标3：学生掌握蛋白质组学为核心的生命组学信息学中疾病机制、分类、诊断、预后和治疗等重要技术。

课程目标4：培养学生利用信息学手段解决医学问题的思维方式，为以后在精准医学等领域提供重要的技术支撑。

三、课程目标对毕业要求的支撑关系

毕业要求指标点

课程目标

权重

1-1：****

课程目标1

2-3：****

课程目标2

3-1：****

课程目标3

3-4：****

课程目标4

四、教学方式与方法

本课程教学环节包括授课、课堂讨论和实践。以授课、实践为主，讨论为辅。授课可以采用面授、在线教学或混合式教学等多种授课形式，根据实际情况灵活选择，讲解组学大数据工程概论。课堂讨论促进学生们思想交流和知识分享，帮助学生更深刻的了解知识和拓展思维。上机实践，在实验室中进行一系列的实验教学，帮助学生熟悉生物学实验过程，并加强对实验数据的处理和分析能力，开展小组或个人项目实战，让学生在实践中掌握组学大数据工程所需的技能和知识。

五、教学重点与难点

（一）教学重点

1.理解蛋白质组学的特点并建立与相关学科的联系。如进化医学、医学发育生物学、肿瘤蛋白质组和蛋白质组药物信息学等。

2.了解常用的蛋白质组数据资源及处理分析流程，掌握常见软件、数据库的使用方法。

3.掌握实验的方法和原理，如质谱仪器产出数据的基本原理、基因组变异检测技术及分析方法和免疫组库测序技术等。

4.理解蛋白质组学数据知识挖掘的基本原理，能够解读挖掘结果。

教学难点

1.不同来源数据的整合与使用。熟练使用常用的蛋白质组数据分析软件。

2.掌握组学数据与医学知识关联的方法;DAVID,KEGG等组学数据知识挖掘体系的使用；STRING,Cytoscape等分析体系的使用。

3.蛋白质组数据挖掘的常用方法、工具和数据库，以及结果的解读。

六、教学内容、基本要求与学时分配

序号

教学内容

基本要求

学时

教学

方式

对应课程目标

1

第1章蛋白质组信息学理论与方法概述

简述蛋白质组学的发展史，介绍蛋白质组相关的基本概念与原理；

讲解蛋白质组信息学的知识框架及其与相关学科的相互关系；

以及蛋白质组信息学的难点及发展方向。

2

讲授

课程目标1

2

第2章蛋白质组信息学资源

介绍蛋白质组研究所需的信息学资源，包括蛋白质组数据及相关其它组学数据、软件及综合数据处理分析流程、蛋白质组数据处理与分析的特点及信息技术基础设施等。讲解蛋白质组研究数据的提交方法。

2

讲授

课程目标1

课程目标2

3

第3章蛋白质组数据定性定量分析方法

简要介绍基于质谱的蛋白质组数据的基本产生原理、流程；

介绍常用的蛋白质组数据定性分析方法，包括数据库搜索方法与常用软件；

介绍常用的蛋白质组数据定量分析方法，包括有标定量方法、无标定量方法等；

介绍常用的差异蛋白质筛选方法，包括统计学检验和机器学习等。

3

讲授

课程目标1

课程目标2

4

第4章肿瘤蛋白质组分子分型与候选药物靶标

简要介绍肿瘤样本类型和肿瘤蛋白质组检测平台；

介绍分子分型的基本方法，包括层次聚类、K均值聚类等多种聚类算法以及决策树、SVM等多种分类算法；

介绍分子分型的最新进展和临床应用，包括泛癌分型、依据分子分型判断预后、选择相应的治疗药物以及发现候选药物靶标。

3

讲授

课程目标1

课程目标3

5

第5章生