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生物药物流行化学软件介绍;Amber作为强大的分子动力学模拟程序，包括分子力学优化、分子动力学模拟和自由能微扰等功能，特别是研究生物大分子的动力学模拟及小分子与大分子的相互作用。Amber提供两部分内容：用于模拟生物分子的一组分子力学力场；分子模拟程序软件包，包含源代码和演示。

功能

包含了大约60个程序，主要有：

Sander用来自NMR的能量限制模拟退火。

Gibbs程序包含自由能微扰(FEP)和热动力学积分(TI)，还允许平均力势(PMF)的计算。

Roar进行QM/MM计算，“真正的”Ewald模拟，以及备用的分子动力学积分程序。

Nmode使用一阶和二阶导数信息进行简正模式分析的程序，用于寻找局域最小值，进行振动分析，寻找过渡态。

LEaPX-window程序，用于基本模型，Amber坐标和参数/拓扑文件的创建。它包含分子编辑器，可以创建基团和操作分子。

Antechamber该程序套件对大多数有机分子自动产生力场描述。它从结构开始产生LEaP可识别的文件用于分子模拟。要求对蛋白质和核酸产生的力场与通常的Amber力场一致。

ptraj和carnal用于分析MD轨迹，计算参考结构的RMS偏差，氢键分析，时间相关函数，扩散特性等。

mm_pbsa一个对MD轨迹自动后期处理的脚本，用连续溶剂方法进行热力学分析。它能够把能量归属到不同的基团片断中去，并估算不同构像之间的自由能量差异。;CHARMm（ChemistryatHARvardMacromolecularMechanics）是一个被广泛承认并应用的分子动力学模拟程序，用于生物大分子的模拟，包括能量最小化、分子动力学和蒙特卡罗模拟等。

CHARMm包含具有专家特点的标准最小化和分子动力学方法，包括正则模式计算、相关性分析、量子力学与分子力学相结合的方法等。

程序可为用户提供处理各种小分子、大分子（包括蛋白质、核酸和糖）的经验化能量计算，包括：相互作用能及构象能量、局域最小化、旋转势垒、与时间相关的动力学行为、振动频率等。

模拟过程提供了有关分子结构、相互作用、能量等信息。;pKalc误差范围为0.25pKa范围内。

PrologP推测化合物的疏水性。

PrologD可推测在人体吸收过程中不同pH值下的??水性。

EluEX快速预测一系列化合物在HPLC中的分离条件。

MetabolExpert快速预测化合物在人体、植物以及光降解下的代谢产物，是一个基于规则的开放系统。

HazardExpert快速预测化合物在人体、土壤无脊椎动物、鸟类和鱼类口服和吸入状态下的七种特征毒性症状，是一个基于规则的开放性系统。

ToxAlert高效率地对大量化合物进行高通量筛选。

MEXAlert快速灵敏地对首过代谢的可能性和类型进行高通量筛选。

RetroMEX用于寻找活性化合物前体药物。

Ruleof5规则认为，如果化合物违背该规则（分子量＜500，氢的共体＜5个，氢的受体＜10个和LogP＜5）中的两条，那么这个化合物在人体中将很难被吸收。

TPSA用于预测化合物的拓扑极性表面积。

Cytoxicity预测化合物的细胞毒性。;Hyperchem为您提供：图形界面、半经验计算方法（AM1，PM3等）、UHF、RHF和CI、密度泛函。可进行单点能、几何优化、分子轨道分析、蒙特卡罗和分子力学计算、预测可见-紫外光谱。

功能

1.结构输入和对分子操作。

2.显示分子。

3.化学计算。用量子化学或经典势能曲面方法，进行单点、几何优化和过渡态寻找计算。可以进行的计算类型有：单点能、几何优化、计算振动频率得到简正模式、过渡态寻找、分子动力学模拟、Langevin动力学模拟、MetropolisMonteCarlo模拟。支持的计算方法有：从头计算、半经验方法、分子力学、混合计算等。

4.可以用来研究的分子特性有：同位素的相对稳定性、生成热、活化能、原子电荷、HOMO-LUMO能隙、电离势、电子亲和力、偶极矩、电子能级、MP2电子相关能、CI激发态能量、过渡态结构和能量、非键相互作用能、UV-VIS吸收谱、IR吸收谱、同位素对振动的影响、对结构特性的碰撞影响、团簇的稳定性。

5.支持用户定制的外部程序。;6.其它模块：RAYTRACE模块、RMSFit、SEQUENCE编辑器、晶体构造器糖类构造器、构像搜寻、QSAR特性和脚本编辑器。

7.新的力场方法：Amber2、Amb