MS软件使用说明_V1.pdfVIP

MS软件使用说明

上海大学所购买的MaterialStudio软件一共包括16个模块：

MS_CASTEP

MS_DMOL3

MS_GULP

MS_ONETEP

MS_QMERA

MS_AMORPHOUS_CELL

MS_DFTB+

MS_FORCITE_PLUS

MS_MESOCITE

MS_MORPHOLOGY

MS_SORPTION

MS_BLENDS

MS_QSAR

MS_REFLEX

MS_COMPASS

MS_VISUALIZER

其中前14个模块为计算模块，除MS_DMOL3有2个license外，其余13个模块每个有1个

license（即同一时间该模块只有1个作业能运行）。计算模块的使用方法可分为3类，见下

文：

1.第一类：使用RunXXX.sh的方法调用模块，此类模块有5个，包括：

MS_CASTEP

MS_DMOL3

MS_GULP

MS_ONETEP

MS_QMERA

下面以CASTEP模块为例介绍第一类模块的使用流程：

1.1CASTEP的使用步骤

a.打开MS界面，建立相关模型。

b.选择工具栏中的CASTEP按钮，然后选择Calculation。或者依次选择菜单Modules|

CASTEP|Calculation。

现在需要对Si结构进行几何优化，把Task改为GeometryOptimization，计算精度设置为Fine。

几何优化的默认设置是只对原子的坐标进行优化。然而在本例中，在对原子坐标进行优化的

同时还需要对晶格参数也进行优化。

按下与Task相关的More…按钮，在打开的新对话框中，勾选OptimizeCell，关闭此对话框。

c.不要单击Run进行Castep计算工作，而要在Calculation对话框中选择Files-SaveFiles，

此时会在ProjectExplorer中出现一个新的目录，其中包括了使用命令行运行Castep的输入

文件；

d.使用Windows的文件管理器进入该目录(相关Project名称名称下)，能够看

到所需要的输入文件。

注意，由于castep计算所需的.cell文件是隐藏文件，因此需要在“工具|文件夹选项”中选

择“显示隐藏文件”,并将文件属性“隐藏”去掉。然后将以下文件拷贝到“自强4000”的

用户相关工作目录下：*.cell、*.param。

此外，需要将计算所需的赝势文件也拷贝到该工作目录下。（在CASTEP|Calculation|

Electronic的more下Potential中可以看到所使用的赝势文件，该文件的路径在Windows

系统的MS安装路径安装路径中，

请将所需要的赝势文件全部拷贝到该工作目录下，否则会导致计算失败）

e.进入用户的该工作目录，使用以下命令提交任务：

当并行数不为16的整数倍时,提交命令为：

/data/csoft/MaterialsStudio70/MaterialsStudio7.0/etc/CASTEP/bin/RunCASTEP.sh–npn–q

queuenamecasename

当并行数为16的整数倍时，提交命令为（注：-x和/data间为空格符）：

bsub–qqueuename–x

/data/csoft/MaterialsStudio70/MaterialsStudio7.0/etc/CASTEP/bin/RunCASTEP.sh–npn–q

queuenamecasename

其中各参数的意义如下，请根据计算模块和算例的情况修改：

n表示计算所需核数；

casename表示计算作业的名称（例如：参数文件为Si.param，则casename为Si，无需缀名）；

CASTEP为模块名，与该模块执行命令的路径相关。（各模块命令路径的前面部分相同,即：

/data/csoft/MaterialsStudio70/MaterialsStudio7.0/etc/，后面部分见下表）

queuename表示模块