参考综合源代码writing sequences to files-peaker.pdfVIP

#源代码#WritingSequencestoFiles

Peaker

在SeqRecord实例中记录的sequence通过Python的Seq函数可以

被和解析。我们可以通过reverse_complement()实现将任意

sequence进行翻转成与其互补配对的互补链。然后我们可以将它分配

给一个新的变量，甚至写入到一个新的文件中。

要写如到一个FASTA格式的文件，我们只需要提供name,ID,序列描

述。因此我们这里创建了一些变量，包含这些信息，然后用实现

除了将他们传递给constructor，你还可以将他们分配给SeqRecord

对象，如下所示

第二步就是将这一信息写入到FASTA格式文件中，使用的是

SeqIO.write()函数。他也可以同时接受多个record记录的迭代操作，一

个filehandle以及一个格式名字。创建一个可写入的空文件，命名为

AMY1_RC.fa，然后将原始序列数据以及翻转的互补序列同时写入到文

件中。

现在你就获得了一个新的fasta格式文件，包括原始sequence以及

反转的互补配对的互补链sequence。

想要对序列数据进行，查看原始序列以及新的互补序列信息

的时候可以调用Biopython的SeqIO或Fasta.parse。

Useful/RelatedLinks:

•AMY1.fa-

•AMY1.gb-

•BiopythonHome

•SwissProtProteinDatabase-

•FASTAFormatWikipediaEntry-

喜欢本文吗？欢迎加入云生信跟大家一起进步~