白血病细胞克隆构建和增殖的遗传多样性1.pdfVIP

白血病干细胞和遗传表型图的遗传多样性

Geneticarchitecturereferstotheunderlyinggeneticbasisofa

phenotypictrait.Asynonymoustermisthegenotype-phenotypemap,the

waythatgenotypesmaptothephenotypes.

近来有关癌细胞基因组的详细研究，揭示了其异常的复杂性,每种细胞都呈现出大量的

驱动突变，中性突变或载体突变。尽管这些筛选都提供了很多信息，然而它们反映出的综合

性遗传全貌使得疾病亚克隆异源性的存在变得模糊起来。细胞内的遗传多样性是癌症的普遍

特点。亚克隆遗传复杂性也可能成为治疗目标的一个重要考虑因素。此外，如果一组肿瘤干

细胞也就是我们所说的propagatingcell是持续克隆扩增和疾病进展的基础，它们就应该

具有遗传多样性。

目前，为了确定细胞内的遗传表型图需要单个细胞或细胞集落的详细研究较少，尽管如

此，它们还是有利的证明了明显异源性的重要性。我们选择了急性淋巴细胞白血病组织作为

研究对象,是基于其便于单细胞分析、很少被干扰或是不稳定，以及已知的遗传事件的时间

序列。具有ETV6-RUNX1融合基因的ALL的B细胞前体，后来发生的突变很可能是产前

做定的起始事件。它与适当数量的CAN（CNV）alterationsoftheDNAofagenomethatresults

inthecellhavinganabnormalnumberofcopiesofoneormoresectionsoftheDNA相偶联。这

些二次突变，很可能在出生后发生的基因畸变，调整了细胞周期即B细胞的分化。

ALL基因型的亚克隆多样性

我们开始选择了60例ETV6-RUNX1阳性的ALL患者（其突变亦用FISH检出，

15%~85%的细胞）。其中，30例至少有10%的细胞有PAX5（n=15）或CDKN2A（p16）

（n=12）缺失或者两者都缺失的情况（n=3）。所有30例标本用了BAC探针做了更进一步

的分析。每例200个具有ETV6-RUNX1融合基因的细胞被评估，每一单个细胞设计呈一个

等位基因状态，对ETV6PAX5（三色）ETV6CDKN2A（三色）ETV6PAX5CDKN2A

（四色）。ETV6-RUNX1探针也可检测融合基因的复制（15）21q的额外拷贝。后者是急淋

中一个普遍的遗传异常和推测的驱动事件。用于记录遗传上有区别的亚克隆的截止水平，用

正常作为对照的血样，由探针的结合情况设定变异区间。含单个CAN的细胞以2%作为阈

值，含两个以上CAN以1%作为阈值（TABLE2）

ETV6-RUNX1是所有白血病细胞普遍的标志，根据ETV6-RUNX1点计单个细胞，可以

用来确定亚克隆不同的遗传学特征和它们出现的相关频率。由此，我们可以推断出这些亚克

隆和衍生克隆遗传表型图的最可能的进化关系。

已知的遗传表型图具有多样性。我们证实的最简单的（6例）含有2或3个亚克隆，可

以被排成线性关系。（Fig.1a）然而，这些例子具有最少的CNA互补链。

其余24例具有更多的标记性的亚克隆异源性，从一个祖先树分出10个亚克隆（Fig1b，c）

Figure1a-c说明了观察到的遗传表型图（其他见fig2）

克隆基因型的研究揭示了一些尚未被认识的特性。显然，高周期性的CAN并未占据优

先序列，说明它们作为原癌基因的潜能与其他CAN相比并不是偶然的。具有最大数目CNA

的亚克隆，位于分支图的末端，不一定在数值上占优势。令人意想不到的是，包含相同基因

的CAN可以同时出现于两个分别的亚克隆中，且不止发生过一次。EYV6被独立检测到2-3

次（fig1b.c）（14in30）；PAX5（8in18）检测到2-3次(fig.1c)和CDKN2A被检测到两次

（4in15）。这些提出了一些有趣的机制问题，提示这些病变不仅发生在clonaladvantage，而

且在针对DNA水平的破坏。一种可能的机制是通过RAG