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第五章:基于特征的系统发生分析

生命科学与技术学院

阎爱侠

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•分子系统发生分析主要分成三个步骤：

•〔1〕分子序列或特征数据的分析；

•〔2〕系统发生树的构造；

•〔3〕结果的检验。

•其中，第一步的作用是通过分析，产生距离或特征数据，

为建立系统发生树提供依据。

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•构成系统发生树的分子数据：

特征数据基于特征的系统发生

分析

距离数据基于距离的系统发生

分析

•关于进化关系的结论的一致性可以看作是对一棵系统发生

树的正确性的积极认可。

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5.1简约法

•在生物学中，描述按照进化途径中突变事件最少的标准来

优先选择一个进化途径的过程。

•两个简单假设：

•〔1〕突变是罕见事件；

•〔2〕一个模型引发了越不合理的事件，这个模型就越不

可能是正确的。

•因此，突变最少的进化关系就越有可能是物种之间真

实的进化关系。

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4个物种三种可能的无根树

1312

2434

12

43

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5.1.1信息位点和非信息位点

根据信息内容可以分为：

信息位点(informative):含有信息的位点

信息位点就是指能由位点产生的突变数目把一棵树

与其它树区分开来的位点;

非信息位点(uninformative):不含有信息的位点

不变位点(invariant):属于非信息位点，比较的

所有序列都有同样的核苷酸。即每一棵描述所有序列间

进化关系的树都有相同的突变数目(0)。

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图5.14条同源序列的比对〔每条序列有6个核苷酸〕

序列位点1