材料科学软件：VASP二次开发_计算效率优化与并行计算.docx

PAGE1

PAGE1

计算效率优化与并行计算

在材料科学计算中，计算效率的优化和并行计算是提高计算性能的关键。本节将详细介绍如何通过并行计算和各种优化技术来提高VASP计算效率。我们将探讨MPI并行、OpenMP并行、混合并行、硬件优化以及输入文件优化等多方面的内容，并通过具体例子来说明这些技术的实际应用。

MPI并行计算

原理

MessagePassingInterface(MPI)是一种广泛使用的并行计算标准，用于在多个计算节点之间进行消息传递。在VASP中，MPI并行计算主要用于并行化电子波函数的计算，通过将计算任务分配到多个处理器上来加速计算过程。VASP支持多种MPI并行模式，包括k点并行、平面波并行、电子步并行等。

内容

k点并行

k点并行是将Brillouin区分成多个k点，每个k点由不同的处理器处理。这种方式适用于k点数目较大的计算任务。VASP通过KPAR参数来控制k点并行的数目。

例子

假设我们有一个计算任务，使用16个k点，可以通过以下INCAR文件设置来实现k点并行：

#INCAR文件

KPAR=4

在提交作业时，需要确保MPI进程数与KPAR相匹配。例如，使用4个计算节点，每个节点4个CPU核心，总共16个CPU核心：

#脚本示例

#!/bin/bash

#SBATCH--nodes=4

#SBATCH--ntasks-per-node=4

#SBATCH--time=01:00:00

#SBATCH--job-name=vasp_kpar

#SBATCH--output=vasp_kpar.out

moduleloadvasp

mpirun-np16vasp_std

平面波并行

平面波并行是将平面波基组分解到不同的处理器上进行计算。这种方式适用于平面波基组较大的计算任务。VASP通过NPAR参数来控制平面波并行的数目。

例子

假设我们有一个计算任务，使用16个平面波基组，可以通过以下INCAR文件设置来实现平面波并行：

#INCAR文件

NPAR=4

在提交作业时，需要确保MPI进程数与NPAR相匹配。例如，使用4个计算节点，每个节点4个CPU核心，总共16个CPU核心：

#脚本示例

#!/bin/bash

#SBATCH--nodes=4

#SBATCH--ntasks-per-node=4

#SBATCH--time=01:00:00

#SBATCH--job-name=vasp_npar

#SBATCH--output=vasp_npar.out

moduleloadvasp

mpirun-np16vasp_std

混合并行

混合并行结合了MPI并行和OpenMP并行，可以进一步提高计算效率。VASP通过NPAR和KPAR参数来控制MPI并行，通过NCORE参数来控制OpenMP并行。

例子

假设我们有一个计算任务，使用16个k点和16个平面波基组，可以使用以下INCAR文件设置来实现混合并行：

#INCAR文件

KPAR=4

NPAR=4

NCORE=4

在提交作业时，需要确保MPI进程数和OpenMP线程数的乘积等于总的核心数。例如，使用4个计算节点，每个节点16个CPU核心，总共64个CPU核心：

#脚本示例

#!/bin/bash

#SBATCH--nodes=4

#SBATCH--ntasks-per-node=4

#SBATCH--cpus-per-task=4

#SBATCH--time=01:00:00

#SBATCH--job-name=vasp_hybrid

#SBATCH--output=vasp_hybrid.out

moduleloadvasp

exportOMP_NUM_THREADS=4

mpirun-np16vasp_std

OpenMP并行计算

原理

OpenMP是一种用于共享内存多处理器系统的并行编程模型。在VASP中，OpenMP并行计算主要用于并行化单个节点内部的任务，通过将计算任务分配到多个线程上来加速计算过程。VASP通过NCORE参数来控制OpenMP并行的线程数。

内容

单节点多线程并行

单节点多线程并行适用于节点内核心数较多的情况。通过设置NCORE参数，可以控制每个MPI进程内启动的OpenMP线程数。

例子

假设我们有一个计算任务，使用单个计算节点，节点内有16个CPU核心，可以通过以下INCAR文件设置来实现单节点多线程并行：

#INCAR文件

NCORE=4

在提交作业时，需要确保每个MPI进程内的线程数与NCORE相匹配。例如，使用